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腾讯登录PICI 和CRI 联合裕策生物等开展研究 其成果发表于Cell 杂志
| 导读 | TESLA汇聚了包括裕策生物在内的36个顶尖的生物技术、制药、大学和非营利性科研团队，相关研究进展于10月9日发表在Cell 杂志上，这无疑将催生新一代更有效，更个性化的癌症免疫疗法，也代表着基于新生抗原的个体化免疫疗法新时代已经到来！ |
近期，帕克癌症免疫治疗研究所（PICI）和癌症研究所（CRI）联合裕策生物等36个机构，共同揭示了个性化免疫疗法的关键，相关研究进展于2020年10月9日（Oct 9 at 8am PT）发表在Cell 杂志上，致敬所有的研究人员！
新生抗原是癌症突变产生的微小标志物，作为肿瘤细胞的标志，可能是解锁“新一代”个体化肿瘤免疫疗法的关键。靶向癌症疫苗或细胞疗法中的“真的”新生抗原，能够以非常小的副作用治疗癌症。但是肿瘤中可能存在数百种突变，只有少数突变会导致新生抗原，可以引发针对癌症的免疫反应。所以最核心的问题是，如何辨别一个“真的”新生抗原？
由帕克癌症免疫疗法研究所（PICI）和癌症研究所（CRI）发起的名为肿瘤新生抗原筛选联盟Tumor Neoantigen Selection Alliance (TESLA) 的科学家们发现了可以更好地预测哪些新生抗原可以激活治疗癌症作用的算法模型和核心参数。TESLA汇聚了包括裕策生物在内的36个顶尖的生物技术、制药、大学和非营利性科研团队，相关研究进展于10月9日发表在Cell 杂志上，这无疑将催生新一代更有效，更个性化的癌症免疫疗法，也代表着基于新生抗原的个体化免疫疗法新时代已经到来！
通过计算分析，该联盟发现了五个特征，这些特征有力地表明了哪些癌症标记最有可能产生免疫反应。这些特征又可以分为两大类：新生抗原在肿瘤细胞上的呈递方式以及免疫系统如何识别新生抗原。
科学家们对另一组强调这五个特征的数据模型的癌症样本进行测试时，它可以准确预测出75％的有效新生抗原靶标，并过滤排除98％的无效新靶标。
PICI首席数据科学家，该研究的通讯作者Daniel Wells博士说：“我们的目标是，在开发基于新生抗原的个体化疗法时，TESLA产生的数据就是行业的参考标准。”“如果每种新旧方法都使用数据作为基准来预测他们的预测结果，那么整个新生抗原领域将能够更快地协作和迭代新方法。”威尔斯与论文的共同资深作者纳丁·德夫兰努克斯（Nadine Defranoux）共同领导了TESLA。
为了达到行业标准的目标，每个TESLA团队都向开放科学非营利组织Sage Bionetworks提交了有关黑素瘤和非小细胞肺癌（NSCLC）组织的最有可能的新生抗原预测。然后，PICI进行了交叉比较并验证了哪些预测是正确的，可以被T细胞识别。
当五个新发现的特征被重新应用到参与团队的算法中时，这些预测结果得到了明显改善。
“迄今为止，新生抗原预测一直是一个黑匣子。我们揭示了几个最重要的特征，TESLA的数据模型是第一个将这五个特征识别为重要特征的模型。”著名的新生抗原专家、该论文的共同资深作者、教授Robert D. Schreiber博士说。
研究结果还表明，没有两种预测方法结果是相同的，而且大多数方法都存在显著差异。没有任何一个团队可以识别所有的新生抗原，或者大多数癌症biomarker，这也表明需要像TESLA这样的联盟协调行业共同发展。
除了黑色素瘤和非小细胞肺癌，其他癌症类型还需要进一步研究，但目前的发现不可否认是新生抗原研究的历史进程中迈出的重要节点之一。
“这项研究具有改善药企和研究人员的数学算法模型的潜力。它可以优先考虑每个患者的癌症中最有可能出现的抗原，并且是免疫系统最容易识别的抗原。这意味着更好地进行个体化的治疗药物的开发。”PICI 研发副总裁Lisa Butterfield博士说，“我们很高兴看到在新生抗原领域将这些发现转化并应用。”
完整的TESLA数据集是目前同类数据中最大的，且可供研究团体免费使用。希望它可以加速个性化疗法的发展，甚至提高全世界癌症患者的疗效。
文章详情
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)31156-9
关于新生抗原
新生抗原是存在于癌细胞表面但在正常组织中不存在的标志物，是非常有吸引力的药物靶点候选biomarker。它们通常源于随着肿瘤细胞迅速分裂和繁殖而发生的突变。免疫系统可以将这些标记识别为“外源”，从而靶向地破坏癌细胞。为了预测哪些新生抗原会出现在患者的肿瘤上，研究人员开发了软件来分析肿瘤DNA序列，并输出免疫系统最可能识别的独特标记集。
方法
参与研究的小组从正常，黑色素瘤和非小细胞肺癌（NSCLC）组织中获得了基因序列。使用每个实验室的算法，每组输出一组预测的新生抗原，这些新生抗原预计将存在于肿瘤细胞上并被免疫系统识别。然后，通过一系列实验对预测的新生抗原进行验证，以评估哪些预测结果最有可能是正确的并且可以被T细胞识别。通过这项工作，PICI与每个参与者共享数据，以告知并进一步改善他们的算法，提升个性化新生抗原疗法对癌症的潜在有效性。
参与组织
参与研究的机构包括麻省理工学院和哈佛大学、加州理工学院、达纳-法伯癌症研究所、宾夕法尼亚大学、Institute for Systems Biology、 the La Jolla Institute for Immunology、the New York Genome Center、 Roswell Park Comprehensive Cancer Center、Sage Bionetworks、The Tisch Cancer Institute at the Icahn School of Medicine at Mount Sinai、the University of California、Santa Cruz、The Carole and Ray Neag Comprehensive Cancer Center at UConn Health and the Washington University School of Medicine.
国际上的非营利组织有the University of Lausanne and the Ludwig Institute for Cancer Research、Lausanne、 the National Center for Tumor Diseases at Heidelberg University Hospital、Netherlands Cancer Institute、 SIB Swiss Institute of Bioinformatics、and TRON – Translational Oncology at the University Medical Center of the Johannes Gutenberg-University Mainz Non-profit GmbH joined the projec.
来自企业的参与者包括裕策生物、Advaxis、Amgen、AstraZeneca、BGI Group (GenoImmune)、BioNTech SE、Bristol Myers Squibb、 EpiVax、Genentech、a member of the Roche Group、 ISA Pharmaceuticals、MedGenome、 Personalis, Inc.、Seven Bridges、 Tempus Labs.
组织样本由加州大学洛杉矶分校综合癌症中心和斯隆·凯特琳纪念癌症中心提供。
关于帕克癌症免疫疗法研究所
帕克癌症免疫疗法研究所（PICI）正在从根本上改变癌症研究的方式。这家总部位于旧金山的非营利组织是2016年由硅谷企业家和慈善家肖恩·帕克（Sean Parker）出资2.5亿美元建立的，是美国领先的免疫疗法研究人员与癌症中心（包括纪念斯隆·凯特琳癌症中心、斯坦福大学、美国大学、加利福尼亚、洛杉矶、加利福尼亚大学、旧金山大学、宾夕法尼亚大学和德克萨斯大学MD安德森癌症中心）之间前所未有的合作模式。研究所还为其他机构的顶尖研究人员提供支持，其中包括希望之城、达纳-法伯癌症研究所、弗雷德·哈钦森癌症研究中心、西奈山伊坎医学院、系统生物学研究所和圣路易斯华盛顿大学医学院。通过与学术界、行业界和非营利组织合作伙伴结成联盟，PICI在大胆的研究上大赌注，以实现其使命：加速突破性免疫疗法的发展，将所有癌症转化为可治愈的疾病。有关更多信息，请访问http://www.parkerici.org.
关于癌症研究所
癌症研究所（CRI）成立于1953年，是美国一家广受好评的非营利组织，致力于通过推动发现和开发针对所有癌症免疫疗法来挽救更多生命。在全球知名的科学咨询委员会的指导下，CRI 投资了4.45亿美元，以支持免疫学家和肿瘤免疫学家在世界领先的医学中心和大学进行研究，该委员会由四名诺贝尔奖获得者和美国国家科学院的26名成员组成。为许多重要的科学进展做出了贡献，这些进展证明了免疫疗法改变癌症治疗方式的潜力。了解更多信息，请访问http://www.cancerresearch.org.
关于裕泰抗原
深圳裕泰抗原科技有限公司（简称：裕泰抗原）系深圳裕策生物科技有限公司（简称：裕策生物）全资子公司，专注于肿瘤免疫新药临床研发服务的国际领先企业，公司拥有国际领先的新生抗原检测验证平台TruNeo?、多组学肿瘤免疫转化医学及生物标志物开发平台。致力于为肿瘤免疫领域的药物研发合作伙伴提供新生抗原CDMO、Biomarker伴随诊断开发、中心实验室检测和患者招募的全方位一站式服务，助力中国肿瘤免疫创新药研发。2017年，裕策生物成为亚洲首个肿瘤新生抗原筛查联盟（TESLA）成员，参与了全部轮次的新生抗原预测工作，表现突出。详情请访问：www.yucebio.com.
关于裕策生物
裕策生物成立于2015年，秉承以患者为中心，改善肿瘤诊疗为己任，“让肿瘤免疫更有效”为使命，围绕肿瘤精准免疫治疗的基因检测服务，以“基因”+“免疫”为双翼，将肿瘤基因组、免疫微环境有机结合，是肿瘤精准免疫治疗基因检测的先行者与开拓者。裕策生物聚焦于免疫诊断产品的开发，核心产品主要包括YuceOne?ICIs、YuceOne?Plus和 bTMB。2020年4月16日，裕策生物成为中国食品药品检定研究院肿瘤突变负荷（TMB）检测国家参考品协作单位之一，对于国内TMB标准化检测具有里程碑式意义，医学检验实验室已经完成上万例肿瘤样本的检测。裕策生物的愿景是成为中国肿瘤免疫诊疗第一品牌。
详情请访问公司网站：www.yucebio.com.
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