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腾讯登录【Nature子刊】复旦/交大团队系统表征癌症转录组，促进抗癌药物发现！
| 导读 | 2022年11月10日，上海交通大学李胜利、Liu Teng团队与复旦大学何祥火团队在Nature Communications上发表了题为“Systematic characterization of cancer transcriptome at transcript resolution”的研究论文。该研究大大扩展了癌症RNA库，并将促进抗癌药物的发现。
https://doi.org... |
2022年11月10日，上海交通大学李胜利、Liu Teng团队与复旦大学何祥火团队在Nature Communications上发表了题为“Systematic characterization of cancer transcriptome at transcript resolution”的研究论文。该研究大大扩展了癌症RNA库，并将促进抗癌药物的发现。
https://doi.org/10.1038/s41467-022-34568-z
研究背景
01
RNA转录本作为蛋白质翻译编码的直接载体，在特定环境下经过多种调控和修饰而产生。在不同的环境下，由于相同的基因会产生不同数量的转录本或完全不同的转录本，转录活性表现出多样性。在真核生物中，转录多样性极大地扩展了蛋白质基因组的编码存储能力。
随着高通量RNA测序（RNA-seq）的进步和计算算法的发展，转录多样性在人类疾病中得到了广泛的揭示。然而，目前仍缺乏在大规模癌症转录组学数据中对RNA转录本的综合描述。RNA结合蛋白(RBP)已被证明在转录后RNA表达中起着至关重要的调节作用，而异常编程的RBP-RNA相互作用调节着癌症的起始和进展。然而，RBP在转录水平的调控及其在介导癌细胞对抗癌药物反应中的作用尚不清楚。
人类癌症来源的细胞系，作为临床前癌症模型，已广泛应用于癌症生物学研究和抗癌药物研发。科学家们做了大量的努力来描绘大规模癌细胞系的分子特征。通过对跨癌细胞系的复杂分子景观的多种综合表征，已发现了大型生物学研究和潜在的临床应用。
研究概述
02
在这项研究中，为了全面描述癌症中的转录本图谱，研究人员使用超过1000个癌症细胞系的RNA-seq数据进行了基于参考的转录本组装。一共确定了498,255个转录本，其中大约一半没有注释。
来自AC092803.3基因的未注释转录本AC092803.3-u1经过实验验证，在多种肿瘤类型中表现出比其他转录本AC092803.3-a1更高的表达水平和临床意义。
研究团队还构建了一个高置信度的RNA结合蛋白(RBP)-转录调控网络，其中大多数RBP倾向于调控参与细胞增殖的转录物，它们可能通过表达特定的转录本和蛋白质亚型来发挥组织/癌症特异性功能。随后，为进一步探索转录本在癌症中的潜在临床应用，研究团队评估了转录本表达与抗癌药物敏感性之间的关联，发现有许多与抗癌药物敏感性高度相关的转录本。
此外，研究还建立了RBP -转录物-药物轴，其中PTBP1通过调节KIAA1522-a6转录体来影响对地西他滨的敏感性。最后，研究建立了一个数据门户，旨在为理解癌症转录组多样性及其在转录水平上的潜在临床应用提供了宝贵的资源。
研究意义
03
总之，这项研究通过转录本将RBP与抗癌药物联系起来，通过提供了一个记录数千个RBP-转录物-药物轴的资源，有望生成调节癌症耐药性的替代策略。
此外，第三代RNA-seq技术在捕获和表征全长RNA转录本方面表现出强大的能力，如Nanopore和PacBio long-read RNA测序。研究人员表示，随着long-read RNA测序技术的快速发展，他们相信研究中发现的越来越多的无注释转录本将得到功能验证。（转化医学网360zhyx.com）
参考资料：
https://doi.org/10.1038/s41467-022-34568-z
注：本文旨在介绍医学研究进展，不能作为治疗方案参考。如需获得健康指导，请至正规医院就诊。
https://doi.org/10.1038/s41467-022-34568-z
研究背景
01
RNA转录本作为蛋白质翻译编码的直接载体，在特定环境下经过多种调控和修饰而产生。在不同的环境下，由于相同的基因会产生不同数量的转录本或完全不同的转录本，转录活性表现出多样性。在真核生物中，转录多样性极大地扩展了蛋白质基因组的编码存储能力。
随着高通量RNA测序（RNA-seq）的进步和计算算法的发展，转录多样性在人类疾病中得到了广泛的揭示。然而，目前仍缺乏在大规模癌症转录组学数据中对RNA转录本的综合描述。RNA结合蛋白(RBP)已被证明在转录后RNA表达中起着至关重要的调节作用，而异常编程的RBP-RNA相互作用调节着癌症的起始和进展。然而，RBP在转录水平的调控及其在介导癌细胞对抗癌药物反应中的作用尚不清楚。
人类癌症来源的细胞系，作为临床前癌症模型，已广泛应用于癌症生物学研究和抗癌药物研发。科学家们做了大量的努力来描绘大规模癌细胞系的分子特征。通过对跨癌细胞系的复杂分子景观的多种综合表征，已发现了大型生物学研究和潜在的临床应用。
研究概述
02
在这项研究中，为了全面描述癌症中的转录本图谱，研究人员使用超过1000个癌症细胞系的RNA-seq数据进行了基于参考的转录本组装。一共确定了498,255个转录本，其中大约一半没有注释。
来自AC092803.3基因的未注释转录本AC092803.3-u1经过实验验证，在多种肿瘤类型中表现出比其他转录本AC092803.3-a1更高的表达水平和临床意义。
研究团队还构建了一个高置信度的RNA结合蛋白(RBP)-转录调控网络，其中大多数RBP倾向于调控参与细胞增殖的转录物，它们可能通过表达特定的转录本和蛋白质亚型来发挥组织/癌症特异性功能。随后，为进一步探索转录本在癌症中的潜在临床应用，研究团队评估了转录本表达与抗癌药物敏感性之间的关联，发现有许多与抗癌药物敏感性高度相关的转录本。
此外，研究还建立了RBP -转录物-药物轴，其中PTBP1通过调节KIAA1522-a6转录体来影响对地西他滨的敏感性。最后，研究建立了一个数据门户，旨在为理解癌症转录组多样性及其在转录水平上的潜在临床应用提供了宝贵的资源。
研究意义
03
总之，这项研究通过转录本将RBP与抗癌药物联系起来，通过提供了一个记录数千个RBP-转录物-药物轴的资源，有望生成调节癌症耐药性的替代策略。
此外，第三代RNA-seq技术在捕获和表征全长RNA转录本方面表现出强大的能力，如Nanopore和PacBio long-read RNA测序。研究人员表示，随着long-read RNA测序技术的快速发展，他们相信研究中发现的越来越多的无注释转录本将得到功能验证。（转化医学网360zhyx.com）
参考资料：
https://doi.org/10.1038/s41467-022-34568-z
注：本文旨在介绍医学研究进展，不能作为治疗方案参考。如需获得健康指导，请至正规医院就诊。
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