重磅发布|新“标”尺，见“微”来——慧算基因基于BF marker甲基化的实体瘤MRD检测

DNA甲基化（DNA methylation）是指DNA分子上CpG双核苷中的胞嘧啶（C）处于甲基化状态，能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因的转录和表达。低甲基化会激活基因转录，而高甲基化会阻止基因转录导致基因沉默。DNA甲基化的异常是很多疾病发生的里程碑事件，在疾病形成的早期即会发生，因此是疾病评估的理想标志物。DNA甲基化可以作为一种新型疾病风险评估的标志物用于疾病的早期诊断、患病风险预测、MRD检测及临床病程监控和疗效评估等。

在一项前瞻性临床试验中，通过比较805名II-III期结直肠癌患者的术前血浆样本与术后血浆样本中的ctDNA甲基化标志物（WIF1 和 NPY），评估肿瘤复发的可能性。该研究发现ctDNA甲基化阴性组的2年无病生存率显着高于ctDNA甲基化阳性组（82% vs 64%），这表明ctDNA甲基化检测可用于术后的MRD检测[1]。

在另一项Challenge-CRC前瞻性临床研究的中期研究结果也表明，术后血循环肿瘤DNA甲基化特征可以在无需肿瘤手术切除样本的情况下，灵敏、特异地检出结直肠癌微小残留病灶，可作为结直肠癌术后风险分层和预测复发的理想检测手段[2]。研究共纳入280例结直肠癌患者, 分别收集术前血及术后血，并对所有样本进行ctDNA体细胞突变分析及甲基化分析，在无肿瘤组织提示的情况下，比较两种检测方法检出结直肠癌来源ctDNA的能力，并对比这两种方法预测术后复发的效果。

在IDEA-FRANCE phase III的研究中，研究者通过ddPCR技术检测甲基化水平，结果显示甲基化的MRD检测技术在术后三个月的时间中，可显著区分MRD+/MRD-的 DFS[3]。

BF Marker(Butterfly Marker): 是慧算基因结合自有样本数据库，经由大数据挖掘全新发现的分子标志物, 该marker甲基化具有泛癌肿特征, 在泛实体瘤中表现出高度甲基化, 正常样本低度甲基化或无甲基化. BF Marker可有效用于临床病程监控和疗效评估(MRD检测及动态监测)等。

慧算基因通过挖掘自有十万级肿瘤样本数据库信息发现BF marker甲基化是实体瘤高度特异性生物标志物（AUC为0.991）。

通过大样本的数据挖掘，发现各实体瘤患者血液样本中BF marker甲基化比例与NGS MRD Panel检测的突变比例及ctDNA含量呈现高度相关性。泛癌肿相关性0.82, 细分癌肿中, 肺癌相关性0.88, 肠癌相关性0.97.

BF marker甲基化检测，结合了亚硫酸盐修饰和Taqman探针两种技术，通过优化的反应体系和高特异Taq酶的使用，在实时荧光PCR平台上采用多色荧光检测体系设计，实现对样品中甲基化DNA的定量检测，可稳定检出10拷贝甲基化, 可检出低至1拷贝甲基化信号。

BF marker甲基化检测，使用荧光定量PCR平台，直接给出ctDNA含量数字化结果, 软件自动分析，判读直观。检测平台操作简便，安全快速，闭管反应，无污染。

慧算专家工作站经上海市院士专家工作站指导办公室组织六部委审于2021年4月28日获批。由欧洲科学院和英国皇家工程院双院士郭毅可院士与广州实验室国家生物数据中心体系暨粤港澳大湾区节点平台主任李亦学教授领衔，云集临床医学、分子遗传学、大数据、人工智能等众多专家教授共同参与。慧算基因基于BF Marker甲基化检测MRD产品经由专家工作站指导研发并进行转化。

[3] Taieb J. et al. Analysis of circulating tumour DNA (ctDNA) from patients enrolled in the IDEA-FRANCE phase III trial: prognostic and predictive value for adjuvant treatment duration. Ann. Oncol. 2019 Sep;30:v867