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专家访谈
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华人学者Cancer Cell：首张人类癌症非编码RNA综合图谱
随着对重要但知之甚少的基因组部分——“DNA暗物质”的认识日渐增加，从根本上改变了科学家们研究疾病的方式。人类基因组中包含有大约2万个蛋白质编码基因（占总数的不到2%），而70%的基因组被转录为非编码RNA（延伸阅读：Cell惊人发现：谁说非编码RNA不编码？ ）。但当前仍尚未系统地调查过这些称作为长链非编码RNAs (lncRNAs)的片段以及它们发...
单细胞RNA-seq发现调节干细胞发育的新基因
最近，Wellcome Genome Campus的一项新研究演示了单细胞基因组学的力量，揭示了它如何能帮助科学家了解细胞的早期发育。这项研究发现了参与干细胞调控网络的新基因，以及新的细胞亚群，可让我们深入了解干细胞多能性——成为几乎所有不同类型细胞的能力。研究人员还为干细胞群落开发了新的资源，这将有助于解释未来的调查。相关研究结果发表在最近的《Cell Stem Cell...
Science公布单个循环肿瘤细胞RNA测序结果
由麻省总医院，哈佛大学主持的一项最新研究发现了前列腺癌细胞对一种常见的癌症治疗方法产生抗性的原因，研究人员完成了前列腺癌单个循环肿瘤细胞的RNA测序，其中找到了非经典Wnt信号所起的关键作用。 这一研究成果公布在9月18日的Science杂志上。 Androgendeprivationtherapy，也就是雄激素剥夺疗法（ADT，也称为去势治疗）主...
DNA芯片技术和RNA测序，有啥不一样？
日本推理小说家东野圭吾的作品《白金数据》中描述了这样一个未来世界：日本政府秘密建立名为“白金数据”的数据库。该库搜集了全国人民的DNA数据，通过对犯罪分子留在现场的毛发、体液等证物进行比对，警方可以高效、快速、准确锁定真凶。借助“白金数据”的帮助，一个检举率100%、冤案率0%的理想法制社会构建完成。技术的发展可以改变人类的生活，小说的情节虽然是虚构的，但随着技术的不断发展和进...
为CRISPR设计高效sgRNA的新方法
CRISPR-Cas9技术，为基因组工程提供了一个强大的系统。然而，不同单导向RNAs（sgRNAs）之间的可变活性，仍然是一个重要的限制。八月三十一日在Nature子刊《Nature Methods》发表的一项研究中，来自耶鲁大学医学院的研究人员，分析了影响体内sgRNA稳定性、活性和装载的分子特征。 基因组编辑系统，对于利用...
Cell重要发现：RNA命运由谁定？
由DNA转录过来后，RNA可继续走向多种命运。虽然最为人熟悉的道路是直接促成了蛋白质的生成，RNA分子自身也能够改变基因的表达。新研究帮助解释了实现RNA序列命运的机制。 在发表于8月27日《细胞》（Cell）杂志上的一项研究中，洛克菲勒大学的科学家与哥伦比亚大学的同事证实一种蛋白质识别了附着在RNA序列上的化学指令标记——这是...
中山大学JBC解析抑癌miRNA
AKT信号在星形细胞瘤的进展过程中，起着重要的作用，但是AKT组成性激活的根本分子机制，仍然没有得以阐释。越来越多的研究报道称，microRNAs通过直接靶定多个致癌基因或肿瘤抑制基因，参与星形细胞瘤的恶性行为。最近，来自中山大学的研究人员在国际学术期刊《Journal of Biological Chemistry》发表一项研究表明，miR-542-3p在星形细胞瘤进展...
干细胞先驱：助力单细胞RNA-seq的统计法
以精确的定时模式表达的基因，被称为振荡基因，在细胞分裂、昼夜节律和肢体形成这样的发育功能中，起着重要的作用。但是，因为我们不能对基因表达进行定时的观察，因此，这些基因在很大程度上是未被发现的。 最近，美国Morgridge研究所和威斯康星-麦迪逊大学的科学家们开发出一种算法，提供了一种新的方法，来识别振荡基因的动力学，并首次确定了这些早期发育力量的作用。 ...
Nature：如何利用单细胞mRNA测序发现罕见细胞类型？
近日，来自荷兰的科学家在著名国际学术期刊nature上发表了一项最新研究进展，他们利用一种新的计算方法结合转录组测序发现了小肠中一些罕见的细胞类型，这对于深入了解器官的细胞组成，探究健康和疾病状态下的组织生物学具有重要意义。 理解一个器官的发育和功能需要对组成该器官的所有细胞类型的特性有一个清晰的认识。传统发现和分离细胞亚群的方法是基于几个已知的标记...
浙江大学李兰娟院士权威期刊发表miRNA研究新成果
来自浙江大学医学院的研究人员报告称，她们在新研究中确定了乙型肝炎相关慢加急性肝衰竭(acute-on-chronic liver failure,ACLF)外周血单核细胞miRNA的特征。研究结果发布在8月12日的《Scientific Reports》杂志上。 浙江大学医学院的李兰娟(Lanjuan Li)院士、林标杨（ Biaoyang ...
Genome Research全面解读基因组miRNA
MicroRNA（miRNA）在调控基因表达中起到了关键性作用，涉及了许多生理学和病理学过程。 成熟miRNA只有大约22个核苷酸，但它们的转录本可以长达数百kb。初级miRNA转录本（或pri-miRNA）很快就会被加工为成熟miRNA，导致RT-PCR、RNA测序等标准检测方法的灵敏度不高。由于不了解miRNA基因的启动子或剪切位点，人们...
Journal of neuroscience：脑神经调节也“男女有别”
近日，来自美国西北大学的研究人员在对参与学习记忆和应激应答的脑部区域进行研究之后发现雄性和雌性的脑在分子水平上存在着不同的运作方式。相关研究结果发表在国际学术期刊journal of neuroscience上。 许多脑紊乱疾病的发生都在不同性别之间存在差异，但其中隐含的生物学过程是如何促进这些差异的产生仍然是一个迷。来自西北大...
我国科学家发现引发胃癌的特殊microRNA分子—miR-7
近日，来自中国第四军医大学的研究人员通过研究发现，microRNA 分子miR-7可以通过抑制一种关键的信号通路来抑制胃癌的发生，而这种关键的信号通路对于幽门螺杆菌而言是一种保护性的机制，该研究或为后期讯号诱导子miR-7表达进而来有效抑制胃癌的新型药物或疗法的开发提供新的线索和研究思路。 据国立卫生研究院数据显示，胃癌是常见的四种癌症中的一种，而且其是全世界癌症死亡...
Startup Vajra计划研发新的用于癌症诊断的microRNA检测工具
Vajra，是一家出自内布拉斯加大学林肯分校的公司，其建立主要依赖一种用于电双层或者SEED的静电计，这种仪器可以在整块电极上检测多种酶的反应，这种技术是基于使用各自的分析物混合进行的免疫特异性结合实现的。 根据Vajra创始人和UNL研究人员Ravi Saraf的说法，SEED能够通过激光扫描，在整块电极上通过固定的单层斑点酶阵列定量标记氧化还原反应。之后会...
清华大学Nature子刊发布mRNA研究新方法
来自清华大学、哥伦比亚大学的研究人员报告称，他们开发出了一种叫做mRIN的新方法，可用于直接评估来自大型RNA测序数据全基因组及基因特异性mRNA的完整性。这一重要的研究成果发布在8月3日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。 哥伦比亚大学系统生物学系助理教授张朝林（Chaolin Zhang）是这篇论文的通讯...
Nature Methods发布新RNA测序技术
Santa Cruz公司和Rochester大学的研究人员开发了一种新的RNA测序技术。他们通过这一技术发现了许多此前未被检测到的调控性小RNA。这一成果发表在八月三日的Nature Methods杂志上。 这个新技术可以在细胞中灵敏检测到带有化学修饰（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物体内含量最丰富的小RNA之一，细胞里到处都是tRN...
清华汪小我等人开发CRISPR sgRNA设计工具
CRISPR/Cas9系统，是最近开发的一种强大而灵活的靶向基因组工程技术，包括基因组编辑和基因调控。这些应用需要设计高效、特异的单向导RNA（sgRNA）。然而，这仍然是具有挑战性的，因为它需要考虑许多标准。已有研究开发出了一些sgRNA设计工具用于基因编辑，但是目前还没有设计出用于基因调控的sgRNA设计工具。 七月二十三日，清华大学...
潘滔教授Nature Methods发布RNA测序重大突破
来自芝加哥大学、德克萨斯大学奥斯汀分校的研究人员报告称，他们开发出了一种新方法实现高效定量高通量tRNA测序。这种叫做DM-tRNA-seq的技术适用于在所有生物体中开展tRNA研究。这一重要的研究成果发布在7月27日的《自然方法》（Nature Methods）杂志上。 芝加哥大学生物化学和分子生物学教授潘滔（Tao Pa...
Genome Biology：RNA-seq需要多长的读长？
随着新一代测序（NGS）的读长在不断增长，研究人员也开始纠结：到底多长的读长才合适？双端测序是不是优于单端测序？近日，康奈尔大学维尔医学院的研究人员在《Genome Biology》杂志上发表文章，认为对于差异表达分析而言，读长并非越长越好。不过，双端测序和长的读长无疑能改善剪接的检测。 最初，新一代测序技术只产生25或36...
Genome Biology：RNA-seq需要多长的读长？
随着新一代测序（NGS）的读长在不断增长，研究人员也开始纠结：到底多长的读长才合适？双端测序是不是优于单端测序？近日，康奈尔大学维尔医学院的研究人员在《Genome Biology》杂志上发表文章，认为对于差异表达分析而言，读长并非越长越好。不过，双端测序和长的读长无疑能改善剪接的检测。 最初，新一代测序技术...