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专家访谈
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lncRNA测序在非编码RNA研究中的应用案例
在过去几年中，高通量转录组测序（High-throughput transcriptome sequencing）最大的发现之一莫过于在哺乳动物基因组中发现了一些功能各不相同的RNA[1]。除去那些由于转录起始位点（Transcriptional start sites）的改变以及终止子（Ternination）和可变剪切（Splicing）的变化之外，另一些新的反向...
Circular RNAs功能机制研究
circRNA是一类具有调控基因表达潜能的非编码环状闭合RNA。随着NGS的发展及生物信息分析的进步，现在已经发现在动物细胞中，存在着成千上万的circRNAs。而对其功能的研究发现也表明，circRNA可以作为microRNA的海绵吸附体而影响下游靶基因的表达，是一种典型的ceRNA作用机制。另外， 由于circRNA与其相同来源的线性mRNA的序列...
ceRNA研究策略解析
ceRNA是一类通过竞争性结合microRNA来影响microRNA-RNA的转录后调控。作为一种全新的基因转录后调控机制，拓宽了我们对基因调控的进一步理解。当我们想进入这个最新的研究领域时，我们该怎么入手呢？来自宁波大学医学院的研究人员通过他们对胃癌中一个lncRNA-FER1L4的研究，为我们展示了ceRNA调控机制的研究策略。 &e...
miRNA芯片在各类样本中的应用
1.新鲜组织样本 新鲜组织一般包括以人类疾病诊断及治疗为目的，经患者或健康人同意后，从患者的机体中切取的未经特殊化学试剂处理的病变组织或相邻健康组织，或者健康人的相同部位的对照组织。这些人类疾病相关的新鲜组织样本的整理、保存、研究对于提高疾病的诊断质量、促进临床工作、探讨及研究疾病的发病机制具有重要的意义。此外，新鲜组织样本还...
环状RNA（Circular RNA）:noncoding RNAs的新明星分子
circRNA是一类以共价封闭环为特征，广泛存在于真核生物中的新型RNA分子。CircRNA来源于基因的外显子或者内含子区域，在哺乳动物细胞中大量存在。现有研究表明大部分的circRNA在不同物种间是保守的。同时，由于其环状结构能抵抗RNase R的降解而比较稳定。circRNA由于其表达的特异性和调控的复杂性，以及在疾病发生中的重要作用越来越受到大家的重视。就像mi...
ceRNA---新的基因表达调控模式
microRNA基因调控机制是大家熟悉的基因转录后调控模式。随着现代研究的不断深入，研究人员发现基因的转录后调控并不是简单的microRNA-mRNA的沉默机制，而是一个复杂的调控网络，而内源竞争性RNA(ceRNA)，拓宽了我们对基因调控的进一步理解。 ceRNA是一类通过竞争性结合microRNA来影响microRNA-R...
lncRNA可在癌症诊断与预后中作为生物标志物
癌症已经成为21世纪世界性的威胁人类健康与安全的头号杀手。2012年就有超过1200万人被确认为新的癌症患者，超过800万人因癌症而死亡[1]。为了增加对癌症发病机理的研究，癌症和肿瘤基因图谱计划（The Cancer Genome Atlas, TCGA）通过高通量测序方案对遗传学，表观遗传学以及转录变化进行了大规模研究[2,3]。然而，尽管很多证据...
“富矿”的开发——浅谈miRNA的研究
什么是microRNA？ microRNA(microRNA)是一种小的内源性非编码RNA分子，大约由21-25个核苷酸组成。通过与靶基因的3’UTR配对，促进mRNA的降解或抑制mRNA的翻译，从而抑制靶基因的表达。 现在，miRBase（1）共收录223个物种的28645个microRNA前体...
展望NGS的下一个突破点，RNA-Seq和线粒体测序上榜
如今NGS已能够快速经济地阅读数亿个reads，所及之处远超越基因组学（如RNA测序使转录组学发生革命性变化）。尽管NGS取得了诸多进步，但依然存在一些重大的挑战。日前，牛津大学举办的“NGS七周年大会”聚焦了NGS面临的挑战，此次会议阐述了NGS领域最令人生畏的障碍，同时也阐述了跨越这些障碍的技术。 本次会议中提及的NGS...
PNAS：用RNA干扰来治疗恶性肿瘤
套细胞淋巴瘤（MCL）被认为是最具侵袭性的血癌，中位生存时间仅为七年，目前可用的治疗方法很少。每年有三千美国人被诊断为MCL，尽管用于身体其他部位转移瘤的个性化疗法已经取得了一定进展，但是，系统性的将治疗药物传递到癌细胞，对世界癌症研究来说仍然是个挑战。 最近，以色列特拉维夫大学（TAU）的一项新研究，为治疗目前无法治愈的血癌等...
两篇Science：父亲饮食会通过精子RNA影响后代
近年来人们逐渐意识到，男性能通过多种途径对自己的后代产生影响，比如精子表观基因组、微生物组转移和精液信号传导。Science杂志十二月三十一日发表了两项引人注目的小鼠研究。研究表明，父亲的饮食会改变精子的RNA，进而影响后代的基因调控。 在第一项研究中，中国科学院的科学家们将雄性小鼠分为高脂饮食和低脂饮食两组。他们发现，高脂饮食...
最新RNA分子诊断技术有望用于诊断老年痴呆症
Affymetrix与XRGenomics LTD合作开发年龄相关疾病的新一代RNA分子诊断检测。 2015年11月5日，来自加州圣克拉拉的消息 —— Affymetrix公司（纳斯达克代码：AFFX）和XRGenomics LTD宣布，他们将合作研究与开发年龄相关疾病的新一代诊断检测，XRGenomics LTD是一家英国的生物技术公司。目前超过50%的医疗费用花在...
Nature子刊惊人发现：抑癌的snoRNA分子
根据斯坦福大学医学院的研究人员所说，一对原以为只是充当细胞管家的RNA分子，在超过四分之一的常见人类癌症中缺失。肿瘤中丧失这些RNA分子的乳腺癌患者相比于其他的乳腺癌患者生存率要低。 研究人员发现，这些RNA分子直接结合并抑制了一个众所周知的癌症相关蛋白KRAS。在缺失这些分子的情况下，KRAS会过度活化，向细胞持续发送信号促进细胞分裂。 斯坦福大学医学院皮肤病学系...
天津医科大：肿瘤转移相关的lncRNA
晚期口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者的预后仍不乐观，更好地了解其背后的机制，对于确定有效的治疗靶标，提高OSCC患者的生存率，是至关重要的。最近，来自天津医科大学和美国达茅斯Geisel医学院的研究人员，在Nature子刊《Scientific Reports》发表题为“Long Non Coding RNA MALAT1 Promotes Tumor Growth and Me...
揭示肿瘤诊断新方法，基于血小板的RNA测序
近日，来自阿姆斯特丹自由大学的Myron G在《Cancer cell》发表的一篇文章提出，基于肿瘤血小板（Tumor-educated blood platelets，TEPs）的RNA测序可用于泛癌症分析、癌症类型的区分和肿瘤基因突变诊断。 结果表明，血小板的RNA测序可以区分癌症患者与健康人，其准确率达到96%，也能区分六种原发肿瘤类型，其准确度达到71%，并能识...
曹雪涛院士权威期刊连发miRNA、癌症新文章
曹雪涛（Xuetao Cao）院士是国际著名的免疫学家。其现任职浙江大学医学院、中国医学科学院、第二军医大学，主要从事肿瘤免疫治疗和分子免疫学方面的研究，曾在树突状细胞的免疫学和肿瘤的免疫与基因治疗研究方面获得重要成果，以通讯作者的身份在Nature Immunology、Nature Communications、Immunity等国内外知名杂志发表论文200多篇。2013年...
Cell Stem Cell：RNA甲基化与干细胞命运
西奈山伊坎医学院的研究人员鉴定了一种控制干细胞性能的关键蛋白，可以提高它们在再生医学中的实用性。这项研究发表在十月二十九日的Cell Stem Cell杂志上。 将干细胞用于临床治疗，需要严格控制其多能性（分化为其他细胞类型的能力）和自我更新（持续分裂和增值的能力）。研究人员发现，锌指蛋白217（ZFP217）控制着干细胞自我更新和分化之间的平衡。 “ZPF217可...
环状RNA研究培训班华东站—晶能生物为您科研添能量！
环状RNA测序是新兴的转录组测序技术。过去普遍认为细胞内的非编码RNA多以线型存在，近年来越来越多的研究发现，环状RNA在哺乳动物细胞内的表达量远高于普遍认识水平。环状RNA可以参与基因的表达调控，例如封闭miRNA的作用、调节本位基因的表达等，是非编码RNA研究中的一个新的研究热点。 晶能生物作为国内高通量测序的先行者，一直...
RNA编辑技术治疗严重罕见病
肌肉萎缩症目前还没有治愈的方法，患有这种疾病的儿童在早年失去了重要的肌肉力量。根据来自美国西北大学医学院和芝加哥大学的一项最新研究，一种被称为“外显子跳跃（exon skipping）”的RNA编辑技术，在治疗一种罕见而严重形式的肌肉萎缩症的过程中，已经取得初步成效。相关研究结果发表在十月十二日的《Journal of Clinical Investi...
华人学者Cancer Cell：首张人类癌症非编码RNA综合图谱
随着对重要但知之甚少的基因组部分——“DNA暗物质”的认识日渐增加，从根本上改变了科学家们研究疾病的方式。人类基因组中包含有大约2万个蛋白质编码基因（占总数的不到2%），而70%的基因组被转录为非编码RNA（延伸阅读：Cell惊人发现：谁说非编码RNA不编码？ ）。但当前仍尚未系统地调查过这些称作为长链非编码RNAs (lncRNAs)的片段以及它们发...