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专家访谈
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专家推荐：经典生物信息学论文
今天的世界大不同，表现在生命科学研究领域，就是一切都开始进入了大数据时代，无论是DNA序列，显微图片，还是质谱数据，研究人员都越来越需要对这些庞大的信息进行收集、整合、处理和诠释。 近期The Scientist杂志联系了几位科学程序员，了解他们所使用的工具是什么，如果是菜鸟需要进行哪些训练等。 自动化与归档 加州大学戴维斯分校的C....
CDC拨款230万用于开发抵御感染性疾病的新一代测序技术及生物信息学技术
上周，美国CDC宣布他们将在2016财年上拨款230万美元用于支持新一代测序技术及生物信息学技术的开发，旨在帮助改善美国感染性疾病疫情爆发的快速先进的检测诊断。 这项资助将通过流行病学及实验室能力的合作协议来进行分配，这项合作协议的任务就是帮助国家和社区解决那些已知和新发现的传染病。 据CDC生物信息学高级顾问Duncan MacCannell表示，特别是来自C...
一位美国医学信息学博士生眼中的中美医疗信息化差异
张少典是美国哥伦比亚大学医学信息学系（美国最顶尖的医学信息学系之一）的5年级博士生，主攻医学自然语言处理和数据挖掘方向。很快就将面临毕业的他近日回到了国内，计划用一个月的时间考察学习中国的医疗信息化现状。在参观间隙，他接受了健康界的采访。 张少典觉得，中美在医疗信息化理念上有较大差距，国内仍主要围绕IT进行系统开发和应用，而美国则更多地从医学角...
Bioinformatics：新型的在线生物信息学工具可以有效对多种基因组进行分析
近日，一项发表于国际杂志Bioinformatics上的研究论文中，来自英国的研究者开发了一种新型的生物信息学流水线，其可以针对多个基因组物种进行自动化的引物设计，从而明显缩短了出具报告的时间。 进行基因组学研究的关键一方面就是在育种上进行合适的个体选择，因为这有可能关乎物种的DNA以及其物理特性或表型，同时也可以帮助鉴别优秀特质的DNA区域，比如高产或对疾病耐受等。...
上海市临床生物信息学研究所在中山医院成立
上海市临床生物信息学研究所成立和学术研讨会于12月22日在我院召开。上海市卫生和计划生育委员会科教处张勘处长、复旦大学上海医学院包志宏副院长、我院朱同玉副院长参加会议。会上，张勘处长宣布了上海市卫生和计划生育委员会关于成立“上海市临床生物信息学研究所”的决定和任命。 上海市临床生物信息学研究所挂靠在复旦大学附属中山...
Eagle助力宝洁 实现基因组与生物信息学的跨领域应用
宝洁(P&G)签订了一份为期四年的协议，使用生物信息学软件来帮助其促进包括制药、消费品和生物燃料等新产品的开发。 该公司将使用Eagle Genomics公司的云端安全系统Eaglecore平台整合现有的数据，并对公司现有数据重新进行分析和集成。 Eagle公司CEO Abel Ureta-Vidal博士在声...
NeoGenomics与生物信息学公司合作，将测序技术投入临床应用
生物信息学公司N-of-One今天宣布与NeoGenomics实验室合作共同对癌症基因诊断公司所提供的诊断测试结果进行分析与注释。 根据协议，莱克星顿的N-of-One公司将对NeoGenomics通过基于新一代测序技术的固体肿瘤基因检测得出数据进行分析与注释，对所进行测试中的多种亚型固态肿瘤细胞的常规性和可操作基因组异常进行分析与评估。 NeoGenomics...
Premier与Bruker分享联合分析技术
生物软件公司Premier Biosoft和设备制造商Premier Biosoft公司在最近的一项联合声明中表示他们已经达成了一项销售协议。根据该项协议，Bruker公司将与Premier公司转售和共享生物信息学软件SimLipid和SimMet的相关市场。 Premier公司表示，SimLipid和SimMet系统常常使用于大规模细则分析...
张先恩：科学突破不断拓展人类认识疆界
10月26日下午，中科院生物物理所研究员张先恩在2014浦江创新论坛上做了科学前沿发展报告。他认为，科学需要长期积累，科学突破也在不断拓展人类认识疆界。 张先恩表示，古希腊自然哲学、逻辑学和数理学的发展奠定了科学的基础。数学成为认识宇宙的重要工具，16世纪对天体运动规律的发现、随后经典物理学三大支柱（牛顿力学、电动力...
如何成为顶级生物信息学家？
如何成为顶级的生物信息学家？看你的研究。业内人士Shirley将生物信息学研究（注意，不是生物信息学者本人）的水平划分成五个层次。此外，Shirley不区分生物信息学（Bioinformatics）和计算生物学（Computational biology），因此这两个概念不做区分。在这里咱再重复一遍，生物信息学和计算生物学的区别，就是西红柿炒蛋和蛋炒西...
生物信息学，神秘的新职业
今天的生物信息学家迎来了好时候。由于各个部门生成了几乎无穷无尽的生物数据，因此形成了对于生物、统计学和计算机科学交叉领域中有经验的专业人才的高度需求。科学家如果能够分析大量信息并将其清晰地展示给决策制定者，就会发现自己的工作和职业生涯前途无量，尤其是在大型制药和生物技术部门。 “在大数据时代，这是个有趣的地方，也是令...
行业观察：新一代测序的信息学市场在迅速崛起
在新一代测序中，最大的挑战是什么？据调查，大部分参与者认为，数据分析是最大的挑战。而不少对测序仪感兴趣的参与者也坦言，数据分析复杂使他们难下决心。诚然，数据分析是目前新一代测序中的绊脚石，但从另一角度来看，这也代表了巨大的机会。 随着基因组测序成本的不断下降，全球新一代测序（NGS）的信息学市场正在迅速崛起。分析人士认为，尽管初步和二次数...
5月份以来生物信息学最新进展简报
生物信息学领域最新进展包括临床测序试验协议、ALS数据的贡献、NGS开发程序和新的高性能存储方案等。 Maverix Biomics 已任命Paul J. Pickering为首席运营官，之前他就职于Life Technologies公司数字PCR业务部。Pickering将主管基于客户认知度的所有商业活动，包括NGS云计算分析平台和...