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专家访谈
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单细胞ATAC-seq——肿瘤表观遗传学研究的利器
人类细胞的DNA约有6英尺长，如何将这些DNA装入直径仅为5微米大小的细胞核中是细胞面临的一个巨大的拓扑学挑战。细胞的解决方案是将DNA进行不同层次的折叠形成可以调控的结构，这其中最重要和最基本的结构就是核小体，进一步再由核小体包装形成染色质[1]。 在每个细胞中组成基因组的60亿个碱基中只有小部分具有生物学活性，能与转录元件结合开始合成RNA，而剩下不活跃的DNA则被包装成高度凝聚的染...
单细胞技术新突破：在单细胞水平实现蛋白与RNA的同时检测
单细胞分析技术有很广的范畴，包括进行核酸水平检测的各种单细胞测序及PCR技术，还有进行蛋白水平检测的质谱流式等等。迥异的检测技术手段使我们很难同时对单细胞的核酸和蛋白进行高通量的检测。2015年底，随着《Nature methods》一篇文章的发表，这种情况成为了历史。 引发这一技术突破的是美国斯坦福大学的Garry Nolan实验室，他们成功的将...
透视单细胞DNA分析
人物简介： Gajus Worthington，美国Fluidigm公司创始人、CEO。 近年来， 他领导之下的Fluidigm公司将其独特的微流控芯片技术，开发了其包括C1、Biomark、Polaris等在内的单细胞分析产品线，在单细胞分析领域占有重要的一席之地。 Fluidigm公司很早就开始专注单细胞分析这...
CyTOF：以单细胞的视角重新审视生命
（原题 《Passion, Imagination & CyTOF》，斯坦福大学医学院Sean Bendall博士访谈纪要） 很容易想象Sean Bendall博士被列入全美“40 Under 40”名录（每年评选40个在各领域有突出表现的的年轻人）；他曾经在斯坦福Nolan实验室任助理教授，这个实验室位于美国Palo Alto小镇，...
单细胞测序为研究免疫反应提供新方法
欧洲分子生物学实验室等机构的研究人员近日开发出一种计算方法，能够从单个T细胞的RNA测序数据中重建配对的T细胞受体（TCR）序列，将T细胞特异性与功能反应相关联。这项成果于本周发表在《Nature Methods》期刊上。 T细胞受体是T细胞表面的特异性受体，负责识别MHC所呈递的抗原。它是异源二聚体，由T细胞发育过程中的V...
干货|单细胞基因测序领域分析（包括市场分析、投资并购、案例分享）
什么叫做单细胞基因测序（Single-Cell Sequencing）？ 一句话说，就是单个细胞水平上对基因组进行测序。2013年，自然杂志把年度技术授予了单细胞基因测序（Single Cell Sequencing），认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。 我们为什么要进行单细胞基因测序？ ...
北大团队发展最新单细胞多重组学测序技术
单细胞三重组学测序技术（scTrio-seq） 单细胞中三种组学之间的对应关系 癌症中两个细胞亚群的DNA拷贝数差异 2016年2月23日，《细胞研究》（Cell Research）杂志在线发表了北京大学生...
国内首例“单细胞高通量基因测序+核型定位技术”试管婴儿在沪诞生
国内首位运用单细胞高通量测序联合核型定位技术对遗传性甲状腺癌致病基因RET进行筛检而生出的健康婴儿昨日诞生。 早报记者昨日从上海交通大学附属国际和平妇幼保健院（以下简称国妇婴）获悉，国内首例采用单细胞高通量测序技术的第三代试管婴儿甜甜（化名）顺利诞生。据介绍，“甜甜”的父亲患有甲状腺癌，此前接受过基因检测，将有50%的机会将...
著名学者Nature综述：单细胞测序之现状
每个细胞都是独一无二的，但我们的研究对象往往是细胞群体，忽略了这些细胞之间的异质性。正因如此，单细胞基因组学研究受到了越来越多的关注。 单细胞基因组学领域近年来发展得非常迅速，为人们揭示了复杂生物学体系的许多重要线索，包括微生物群落的生态多样性和人类癌症的基因组。一月二十五日Nature Reviews Genetics杂志...
浙大80后教授发表单细胞RNA测序研究
基因表达变异是小鼠胚胎干细胞（ESC）的一个重要特征，但人们还不清楚这背后的具体原因。 浙江大学和哈佛大学的研究人员对小鼠胚胎干细胞进行了单细胞mRNA-seq分析。他们发现，这些细胞表现出的异质性是血清培养造成的。这项研究发表在一月二十一日的Cell Reports杂志上，文章的通讯作者是浙江大学80后教授郭国骥、哈佛大学的S...
Bio-Rad和Illumina联合开发新型的单细胞测序系统
近日，Bio-Rad公司和Illumina公司达成合作协议共同开发针对单细胞的新一代测序工作站，单细胞分析领域在过去几年里发生着翻天覆地地变化，而两家公司的这项合作也将会对很多竞争性技术的企业带来一定影响。 Illumina公司 CEO Jay Flatley在本周举办的摩根大通(JP Morgan)医疗会议上表示，这项...
Nature Methods：突破性单细胞表观基因组与转录组分析新技术
由英国及比利时的研究人员开发出的一种新方法，使得在单细胞中同时研究表观基因组及转录组成为可能。发布在《自然方法》（Nature Methods）上的实验方案，可帮助科学家们精确描绘出DNA甲基化改变与基因表达之间的关系。 近年来单细胞测序技术发展迅速，被广泛用于研究细胞间的基因表达谱（转录组）差异。近期的一些单细胞实验方案也使得...
单细胞测序助力中科院刊发《science》 表观遗传研究取得重大突破
图：父亲的后天饮食可通过改变精子RNA影响后代健康 单细胞测序解决了用组织样本测序或样本稀少时无法解决的细胞异质性难题，正日益成为科研热点，尤其是在生殖领域的研究中大放异彩。近日，安诺基因与动物所周琪、段恩奎研究组以及上海生命科学院营养所翟琦巍研究组合作，在高脂饮食诱导的父代肥胖小鼠模型中，发现一类成熟精子中高度富集的小RN...
2015生物医学领域热词盘点
今年生物医学领域好不热闹，热点事件不断，从年初美国总统奥巴马对精准医疗的提出，到屠呦呦获得诺贝尔医学奖，前华大CEO王俊离职，离职市长梅永红就任华大基因并任职基因库主任，再到埃博拉疫苗启动II期临床试验等等。 【1】基因编辑 今年12月人类基因编辑国际峰会在华盛顿召开，再次将基因编辑的伦理问题推上风口浪尖。科学家们经过三天的激烈讨论，最终达到共识：基因编辑技术不应该用...
【盘点】单细胞测序研究这几年
单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。最近几年，关于单细胞测序的报道日益增多。实际上单细胞测序是一个近年来的一个新兴研究领域。 单细胞测序萌芽于2010年，2013年才真正发展起来，2014年，单细胞测序的应用被列为《自然—方法学》(Nature Methods)年度最重要的方法学进展，2015基因组学...
《转》访陈重建博士：乘风破浪，单细胞测序再创新突破
引言：2015年4月27日，Nature Methods杂志上发布了一项引人注目的测序技术，基因组与转录组平行测序(Genome and Transcriptome Sequencing, G&T Seq)。该技术实现了对单个细胞内的DNA和RNA平行测序，能够展现单个细胞的基因变异与基因功能之间的关系。作为国内单细胞测序技术整体解决方案的领导者，安诺基因也一直在此方向投入研发。...
单细胞全基因组扩增技术大比武
2013年，权威技术期刊《Nature Methods》将年度技术授予了单细胞测序。正如社论中所说，每个细胞都是独一无二的--它占据了独特的空间位置，它的复制基因组中携带了独特的错误。然而，过去以细胞群体为对象的研究只获得了平均值，而忽略了异质性。目前多种新型分析技术，如NGS，都是为细胞群体而设计的，需要一定的样本量。对于一些特殊样本或应用，如CTC或PGS/PGD应用等...
Epic Science和Upenn合作研究单细胞液体活检技术
根据双方的协议，双方将在多项单细胞分析循环肿瘤细胞（CTCs）的研究中进行合作，一起寻找能够对癌症治疗进行预测的生物标记物。拉姆森癌症研究中心的研究人员将使用Epic Science的“细胞掉队”CTC检测平台来研究不同类型癌症的异质性，并争取发现基因组和表型标记物之间的异质性，这些异质性能够帮助我们理解，肿瘤是如何变化的，以及这些肿瘤对现有疗法和新...
世界领先单细胞全基因组扩增技术落户上海 不孕不育家庭的希望
2015年11月11日，上海亿康医学检验所盛大开业，基因检测界又多了一颗冉冉升起的新星，上海又多了一家富有特色的医学检验所。 开业庆典现场 开业庆典现场 出席开业典礼的嘉宾有上海市奉贤区卫计委领导宋志红，美国科学院院士谢晓亮教授， 奉贤园区管委会领导朱德才，通和资本陈连勇博士、上海亿康检验所...
单细胞RNA-seq发现调节干细胞发育的新基因
最近，Wellcome Genome Campus的一项新研究演示了单细胞基因组学的力量，揭示了它如何能帮助科学家了解细胞的早期发育。这项研究发现了参与干细胞调控网络的新基因，以及新的细胞亚群，可让我们深入了解干细胞多能性——成为几乎所有不同类型细胞的能力。研究人员还为干细胞群落开发了新的资源，这将有助于解释未来的调查。相关研究结果发表在最近的《Cell Stem Cell...