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专家访谈
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新的单细胞测序全基因组扩增方法
北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊课题组和谢晓亮课题组合作，在单细胞全基因组测序研究中获得取得重要进展，2015年9月4日在《美国科学院院刊》在线报道了一种用于单细胞测序的全基因组扩增新技术——乳液全基因组扩增，简称“eWGA”。该方法与已有的类似技术相比，大幅度提高了扩增的均匀性和准确性，可以同时检测出单细胞中的小片段拷贝数变异（CNV）和高精度的单核...
减少单细胞分析不确定性的新方法
看似相似的细胞往往有显著不同的基因组。这通常也适用于癌细胞，例如，即使在很小的肿瘤样本中，癌细胞也各不相同，因为细胞内的遗传突变，是断断续续地传播。关于单个细胞中这些突变（被称为拷贝数变化）的详细知识，可以帮助医生制定特定的治疗方案。延伸阅读：Nature子刊报道单细胞技术突破。 问题在于，目前获取这方面知识的技术还比较困难，并...
北大谢晓亮、黄岩谊教授PNAS开发单细胞测序新技术
来自北京大学的研究人员报告称，他们开发出了一种基于乳液的扩增方法来抑制扩增偏移检测单细胞拷贝数变异（CNV），同时以高精确度检测单核苷酸变异(SNV)。这一方法能够与各种扩增实验方案包括广泛使用的多重置换扩增(MDA)相兼容。这一重要的成果发布在9月4日的《美国国家科学院院刊》（PNAS）上。 北京大学的谢晓亮（X. Sunney Xie) 教授及黄岩谊（Yanyi ...
控股公司富鲁达同多所大学合作创建单细胞基因组研究中心
近日，由生物技术仪器业务私人控股公司富鲁达（Fluidigm）同莫纳什大学、墨尔本大学、纽卡斯尔大学及哈德逊医学研究所组成的团队宣布准备创建新型单细胞基因组研究中心。 位于墨尔本外部的莫纳什健康翻译区域(MHTP)中的医学基因组设备将会建立第一个卓越的单细胞基因组研究中心。 哈德逊研究所所长Bryan Williams在一份声明中指出，这项多所大学同富鲁达公司的...
康涅狄格州立大学和杰克逊实验室合建770万单细胞基因组研究中心
今日，康涅狄格州立大学和美国杰克逊实验室(Jackson Laboratory)宣布了一项合作协议来共同开发进行单细胞基因组学研究的中心。 价值为770万美元的单细胞基因组学研究中心将位于杰克逊实验室内部，而杰克逊实验室主要从事于基因组医学研究，其位于康涅狄格州法明顿市的康涅狄格州立大学中。 杰克逊实验室单细胞基因组学研究室主任Paul Robson在一份声明中...
干细胞先驱：助力单细胞RNA-seq的统计法
以精确的定时模式表达的基因，被称为振荡基因，在细胞分裂、昼夜节律和肢体形成这样的发育功能中，起着重要的作用。但是，因为我们不能对基因表达进行定时的观察，因此，这些基因在很大程度上是未被发现的。 最近，美国Morgridge研究所和威斯康星-麦迪逊大学的科学家们开发出一种算法，提供了一种新的方法，来识别振荡基因的动力学，并首次确定了这些早期发育力量的作用。 ...
BD公司收购单细胞基因组学新型公司Cellular Research
近日，BD公司表示，周二市场收盘后它们就已经收购了位于旧金山港湾区的单细胞基因组新型公司Cellular Research；Cellular Research 公司在2011年被斯坦福大学以及硅谷的企业家创立，用于进行单细胞基因组学的细胞研究，目前研究者们已经开发出了新型的工具，可以基于专有的分子索引技术来开发用于大规模并行单细胞遗传学分析的工具。 ...
Nature：如何利用单细胞mRNA测序发现罕见细胞类型？
近日，来自荷兰的科学家在著名国际学术期刊nature上发表了一项最新研究进展，他们利用一种新的计算方法结合转录组测序发现了小肠中一些罕见的细胞类型，这对于深入了解器官的细胞组成，探究健康和疾病状态下的组织生物学具有重要意义。 理解一个器官的发育和功能需要对组成该器官的所有细胞类型的特性有一个清晰的认识。传统发现和分离细胞亚群的方法是基于几个已知的标记...
黄岩谊、汤富酬组开发新的单细胞转录组测序法
北京大学生物动态光学成像中心（Biodynamic Optical Imaging Center, BIOPIC）是北京大学于2010年成立的一个跨学科合作实体研究中心。中心的目标是发展和利用最先进的生物成像与基因测序手段，在分子和细胞水平上进行生命科学与医学基础研究。中心配备了界一流的研究设备和条件，有重点地发展最新的生物成像和测序技术。 ...
两篇Cell文章：廉价的单细胞基因表达分析新技术
想象一下有人递给你一杯奶昔，要你鉴别出里面所有的东西。或许你能够辨别出有一点点的草莓或是酸奶的味道。但总体上它的味道就像是无法分辨的成分构成的混成品。 现在再想象一下，这杯奶昔是由来自大脑的2万个碾碎了的细胞所组成。你可以通过测试来确定样本中有什么分子，这就是科学家们现在所做的事情。这当然会提供给你有用的信息，但它无法告诉你这些分子最初来自...
Cell：揭秘激活神经干细胞的信号
来自同济大学医学院、加州大学洛杉矶分校、南昌大学等处的研究人员报告称，他们利用单细胞RNA测序技术，同时运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)，揭示出了激活休眠神经干细胞的信号。这一重要的研究结果发布在5月21日的《细胞》（Cell）杂志上。 同济大学医学院的李思光（Siguang Li）教授以及孙毅（Yi Eve Sun）教授是这篇论文的共同工作。李思光教...
单细胞分析在循环肿瘤细胞研究中的应用
循环肿瘤细胞（CTCs）是近些年来癌症研究的热点之一。这些在实体肿瘤患者血液中发现的微量细胞可能在肿瘤的转移过程中发挥关键作用。过去，由于数量稀少以及白细胞污染等原因，CTC转录谱研究受到了很大的限制。单细胞分析的出现使这些问题迎刃而解，把CTC的研究推到了一个新的深度。 如果要对CTC进...
当宏基因组遇上单细胞测序
日前，科学家们通过宏基因组测序和单细胞测序鉴定了一类新细菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成为了微生物检测和分类鉴定的强有力工具。这种方法为科学家们揭示了微生物群体的高度复杂性，但它还是有所遗漏。美国能源部联合基因组研究所上周的一次会议上，研究者人员向人们展示了在四个温泉样本（北美和亚洲）中发现的一类新细菌Candidatus Kryptonia。这项研究共测序了22个...
单细胞分析技术在转化医学领域的应用
细胞具有天然的异质性 异质性是细胞的天然特性之一，看似相同的一群细胞，其内部有可能存在本质的差别。这种异质性是由很多因素造成的，除了各细胞所处微环境的差异以外，更多的是细胞内在活动的一种表现；通常，细胞的异质性主要体现在以下几个方面： 在基因水平，基因组本身就存在多态性，各种突...
新型单细胞外显子组测序法
最近，美国MD安德森癌症研究中心和德克萨斯大学休斯敦健康科学中心的研究人员，开发出一种新型单细胞外显子组测序方法称为SNES。与目前大多数单细胞测序方法形成对比，SNES利用细胞核而不是细胞进行分析，从而将会在生物学许多不同领域具有广泛的应用。相关研究结果发表在2015年3月25日的国际著名学术期刊《Genome Biology》。 单细胞测序方法可让我们深入阐述罕见细胞亚群和复...
Polaris：在单细胞水平上实现细胞生物学和分子生物学的有机整合
美国旧金山，2月19日电 第十六届基因组生物学进展年会（AGBT）将于2月25日（当地时间）在位于Florida南部的Marco小岛上举行。除了享受冬日里难得的阳光与沙滩，参会者还将有机会一瞥Fluidigm公司（富鲁达）的新产品--Polaris的真容。该产品主要用于单细胞研究，其最令人兴奋之处在于，它是世界上第一个全面集成了单细胞分选、捕获、培养、给药以及核酸样品制备...
单细胞分析在循环肿瘤细胞研究中的应用
循环肿瘤细胞（CTCs）是近些年来癌症研究的热点之一。这些在实体肿瘤患者血液中发现的微量细胞可能在肿瘤的转移过程中发挥关键作用。过去，由于数量稀少以及白细胞污染等原因，CTC转录谱研究受到了很大的限制。单细胞分析的出现使这些问题迎刃而解，把CTC的研究推到了一个新的深度。 如果要对CTC进行单细胞分析，首先要做的就...
Nat Bio:新单细胞mRNA测序揭示大脑皮层细胞发育的独特性
加州大学旧金山分校的研究人员利用新的单细胞分析方法研究大脑皮层细胞的独特性，识别不同细胞类型的数百个新型生物标志物，这一项成果将提高科学家们对于出现特化神经元亚型的理解。这种集中于单细胞基因活性的新方法，最终与其他单细胞技术(包括显微成像)相结合，可能会揭示脑部发育障碍的起源。相关文章发表于2014年8月3日的《Nature Biotechnology...
透视单细胞DNA分析——专访Fluidigm公司CEO
人物简介： Gajus Worthington，美国Fluidigm公司创始人、CEO。 近年来， 他领导之下的Fluidigm公司将其独特的微流控芯片技术应用于单细胞分析，开发了其包括C1、Biomark、Polaris等在内的单细胞分析产品线，在单细胞分析领域占有重要的一席之地。 Fluidigm公司很早就开始...