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专家访谈
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Nature Communications｜OGM为基因编辑保驾护航，让脱靶无所遁行
2023年8月25日，中国台湾林口长庚医院干细胞与转译癌症研究所和美国加州大学旧金山分校等多个研究机构在Nature Communications上发表一项合作研究，通过Bionano OGM（optical genome mapping，全基因组光学图谱）技术检测CRISPR-Cas9编辑后的人诱导多能干细胞（iPSC）系，评估其基因组完整性，并揭示了可能制约经基因编辑技术改...
【NUCLEIC ACIDS RES】编辑效率91%！苔藓RNA编辑因子识别900个人类转录组脱靶点
苔藓RNA编辑因子 在活细胞中，存在着许许多多的信息流（traffic），如同置身与一个大型施工现场。在陆地植物中，DNA形式的蓝图不仅储存于细胞核中，还存在于线粒体（细胞的发电厂）和叶绿体（光合作用单元）之中。这些蓝图指导着蛋白质的构建，进而支持生命体的代谢过程。然而，蓝图信息是如何在线粒体和叶绿体中传递的呢？——通过创建蓝图的转录本（RNA）来实现。转录本（RNA）随...
【Nature子刊】大改进！新Cas9模型定位DNA切割位置，预测脱靶概率——朝着更高精度的基因编辑前行！
来自代尔夫特理工大学（TU Delft）的研究人员提出了一个基于物理学的模型，建立了用CRISPR-Cas9进行基因编辑如何工作的定量框架，并允许预测在哪里、有多大概率以及为什么会发生靶向错误（脱靶）。这项已经发表在《Nature Communications》上的研究，题为“A kinetic model predicts SpCas9 activity, improves off-tar...
【Nature】重新设计Cas9蛋白，降低上千倍脱靶概率，基因编辑变得更加安全！
现在，德克萨斯大学奥斯汀分校的科学家们重新设计了一种被广泛使用的基于CRISPR的基因编辑工具的一个关键成分，称为Cas9，它靶向错误的DNA片段的可能性要低上千倍，同时保持与原始版本一样的效率，使其潜在地安全得多。这项工作在近期发表在《Nature》杂志上的一篇论文“Structural basis for mismatch surveillance by CRISPR–Cas9”中进行了...
【研究】工程纳米材料捕获脱靶癌症药物！
“为了减少局部化疗期间抗癌药物的脱靶效应，我们有必要找到一种方法去阻断不必要药物的体循环。”宾夕法尼亚州立大学化学工程和生物医学工程助理教授兼首席研究员Amir Sheikhi 说道，“现在抗癌主要的化疗药物是多柔比星 (DOX)，其毒性大，主要副作用为骨髓抑制、心脏毒性、脱发、消化道反应，少数人有发热、肝功损害、出血等症状。对此我们开发出了一种新型的工程纳米材料—毛状纤维素纳米晶体。它有着...
脱靶基因组编辑：基因科学和医学领域的新学科
作者：；王向东 随着基因组编辑技术的不断发展，基因组编辑设计过程中的非特异性基因突变导致的脱靶效应形成了一门新的基因科学学科和医学学科。基因编辑和检测方法，基因改变的解析方法或对照参考的不同，使基因组编辑发生脱靶效应，从而导致不同程度的短期和长期副作用，毒性或动力学改变。对基因组编辑产生的直接或间接的动态脱靶效应的检测，是基因编辑临床应用的关键问题。基因组编...
CRISPR-Ca9全基因组脱靶效应检测系统在小鼠身上完成测试
《自然》本周在线发表的一项研究In vivo CRISPR editing with no detectable genome-wide off-target mutations中，针对CRISPR–Cas9基因组编辑的全基因组脱靶效应的高效检测系统在小鼠身上完成了测试。研究成果有望促进基因组编辑从研究到临床的转化。 VIVO的概述和验证 Akcak...
如何更好的开展CRISPR研究实现脱靶效应最小化?这里有一份秘籍
距离首次作为基因组编辑工具仅仅5年，CRISPR几乎就成为了家喻户晓的技术。从一开始作为细菌切除入侵病毒DNA的方式，到现在，CRISPR已经引发了关于动物模型、高通量筛选、转基因生物和基因治疗，甚至是生物医学伦理学和科学专利法的一系列讨论。 所有的一切都在以令人震撼的速度增长。诚然，CRISPR并非没有缺点，但它的优点太多，涉及到其可编程并适用于无数生物、细胞类型...
一篇 Nature 文吓坏了科研人,难道 CRISPR 脱靶没救了?
2017 年 5 月发表在 Nature Methods 杂志上，题为「Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo」的研究轰动了整个学术圈。该文章声称 CRISPR-Cas9 基因编辑系统会引入大量不可预估的突变到小鼠基因组中，由此引发了关于 CRISPR-Cas9 系统潜在脱靶效应的一系列激烈的讨论。后续调查结果发...
CRISPR女王：魔剪CRISPR变完美，对脱靶说不！
7月12日，CRISPR先驱Jennifer A. Doudna教授带领的研究小组在Science Advances杂志上发表了关于脱靶效应的最新成果。研究人员发现了一种由病毒产生的蛋白质，其可以阻断强大的基因编辑工具CRISPR-Cas9切割靶DNA。使用该蛋白质研究人员可以更好地控制CRISPR，大大降低了脱靶效应。未来，基因编辑技术将更加精确安全。 ...
Cell：科学家首次观察到CRISPR-Cas3切割DNA关键步骤，防止脱靶或成可能！
日前，哈佛医学院和康奈尔大学的科学家首次观察到CRISPR复合物捕获DNA的细节，且揭示了其作用机制的关键步骤。研究结果于6月29日发表在Cell杂志，为提高CRISPR医学应用的效率和准确性提供了必要的结构数据。 通过低温电子显微镜，研究人员首次观察到CRISPR复合物靶向目标DNA链，并准备通过Cas3酶切割DNA的全过程。研究人员说，这些高分辨率结构揭示了错误检测的过程，...
“CRISPR-Cas9魔剪”失灵了？谷峰：三大操作问题或为脱靶“元凶”
近日，Nature Methods刊登一篇论文，来自哥伦比亚大学、斯坦福大学、艾奥瓦大学的研究人员通过WGS全基因组测序技术，检测到使用CRISPR技术治疗的小鼠产生上千个意外的基因突变，发生大量基因脱靶现象。该爆炸性文章立即引起业界高度关注和热烈讨论，也让备受推崇的CRISPR技术陷入短暂的“滑铁卢”。为此，贝壳社邀请了国家重点研发计划和国家自然科学基金项目评审专家，国内...
三大基因编辑技术PK及市场分析，CRISPR技术易产生脱靶效应仍是重要隐患
纵观基因编辑技术市场，其现状与八十年代索尼公司出产的Betamax录像机和JVC公司的VHS录像机之间的磁带格式战争非常相似。在当时虽然大多数专家都认为Betamax录像机更功能丰富、性能更好且更耐用，但是从另一方面来看，VHS录像机的价格更偏宜，并且适用于长时间观影，因此在这场战役中最终的赢家是JV公司的VHS录像机。医疗市场分析公司Kalorama对基因编辑技术和公司进行梳理，动脉网（微信：v...
Cell：突破！如何克服CRISPR/Cas9脱靶问题？
Whitehead研究所的科学家们首次对顶复门（Apicomplexa）生物进行了全基因组筛选。这项重要的研究成果于九月二日发表在Cell杂志上。顶复门的单细胞寄生虫会引起疟疾、巴贝斯虫病、隐孢子虫病和弓形虫病，但我们对这些家伙还知之甚少。 “我们一直没什么办法研究顶复门寄生虫所有基因的功能，”Whitehead研究所的Sebastian Lourido说。“现在我们找到了一个好方法。这种方...
Nature子刊：精确检测CRISPR脱靶效应的新方法
CRISPR和TALENs作为新兴的基因组编辑技术，虽然优势多多，但是仍然被脱靶效应所困扰。美国希望之城贝克曼研究所和浙江大学第一附属医院的研究人员开发出一种新策略，有望帮助人们检测这种意想不到的结果。这项成果于本周在线发表于《Nature Biotechnology》杂志上。 CRISPR和TALENs技术目前被广泛应用于研究中，而将来更有望用于临床，但脱靶效...
Cell：癌症逃脱靶向疗法的分子机理
癌症药物往往可以通过阻断肿瘤细胞的生长、生存及扩散来抑制癌症，这些药物会按照开发者既定的思路去发挥作用，来关闭细胞中的表皮生长因子受体（EGFR），但在很多癌症中，药物却不能有效阻断癌症的发展。 近日，来自美国威斯康星大学（University of Wisconsin-Madison）的研究者发现，癌症可以通过特殊...