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专家访谈
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百迈客三代长读长微生物组研究技术与应用研讨会圆满结束！
2023年5月11日，百迈客“三代长读长微生物组研究技术与应用研讨会”完美落幕，此次研讨会聚焦三代测序技术在微生物组研究中的应用，报告内容涉及PacBio全长16s rRNA基因测序、三代宏基因组、微生物生物信息分析，共同探讨微生物组学系列问题，旨在推动微生物组研究热点领域的迅速发展。2023年1月5日，内蒙古农学大学张和平教授和孙志宏研究员团队在微生物领域国际顶级期刊《Nature Mic...
利用超长读长序列和Pore-C获取前所未有的单倍型解析生物学信息
较长的读长序列包含更多定相信息，可供基因组组装和分子定相工具使用，从而得出更长的单倍型解析重叠群和定相区块。 新的组装工作流程结合纳米孔长读长和Pore-C数据，能够对大型二倍体基因组进行染色体规模的单倍型解析组装 图1 单倍型解析组装 a) 概念；b) 和 c) 分别为折叠后和采用 Trio-binning 后的纳米孔组装；d) ...
【快讯】PacBio公司8亿美元收购Omniome，整合短读长读测序技术
早在2018年11月，测序巨头Illumina (NASDAQ:ILMN)出价12亿美元收购太平洋生物科技Pacific Biosciences (PacBio) (NASDAQ:PACB)，但由于联邦贸易委员会的审查，合并计划最后失败告终。仅仅一年半后，PacBio再次与FTC正面交锋，但这次是作为圣地亚哥测序初创公司Omniome的收购方。 7月20日，PacBio宣布与Om...
长读长测序再显优势!基因组复杂结构变异检测实现新突破!
基因组结构变异是很多癌症、遗传病等疾病的重要诱因。目前基于二代测序技术检测基因组结构变异存在很大的局限性，而三代测序存在错误率较高等多种问题，尤其针对复杂结构变异大多软件识别能力较差。针对这一问题，近日，在Nature Methods发表的一项最新研究中，研究人员开发了基因组比对工具NGMLR和结构变异识别工具Sniffles，为变异检测提供了前所未有的灵敏度和精确度，即使在重...
10x Genomics 宣布C轮5500万美元融资 发展长DNA读长技术
10x Genomics这个名字来源是希望在竞争者中显得更为突出，而不是企图硬碰硬。这种做法似乎得到了回报。最近，该公司迎来了5500万美金的C轮融资，这部分资金用来进行长读长测序技术开发。 10X Genomics' product--Courtesy of 10X Genomics Fidelity Management ...
Genome Biology：RNA-seq需要多长的读长？
随着新一代测序（NGS）的读长在不断增长，研究人员也开始纠结：到底多长的读长才合适？双端测序是不是优于单端测序？近日，康奈尔大学维尔医学院的研究人员在《Genome Biology》杂志上发表文章，认为对于差异表达分析而言，读长并非越长越好。不过，双端测序和长的读长无疑能改善剪接的检测。 最初，新一代测序技术只产生25或36...
Genome Biology：RNA-seq需要多长的读长？
随着新一代测序（NGS）的读长在不断增长，研究人员也开始纠结：到底多长的读长才合适？双端测序是不是优于单端测序？近日，康奈尔大学维尔医学院的研究人员在《Genome Biology》杂志上发表文章，认为对于差异表达分析而言，读长并非越长越好。不过，双端测序和长的读长无疑能改善剪接的检测。 最初，新一代测序技术...
测序技术CPT-seq：转座酶拯救测序短读取
现在绝大多数DNA测序仪生成的是短序列读取。虽然它们的效率很高，但有许多生物学问题是短片段解决不了的，需要更长的序列信息。日前，Illumina公司的Frank Steemers领导研究团队找到了一个简单的解决办法。他们用一种转座酶把短片段暂时结合起来，保留了序列顺序或邻近性（contiguity）。 在基因组DNA上，不同个体的单碱基差异被称作单核苷酸多态性（SNP）。相邻S...
PacBio第三代测序仪读长再度升级
目前市面上唯一的第三代测序设备供应商Pacific Biosciences于2014年10月下旬再度升级了测序聚合酶和化学染料（P6-C4），PacBio的新试剂旨在进一步增加其原本就傲视群雄的序列读取长度，这无疑是测序届爆发的又一磅重弹，长度长对于测序后序列拼装的巨大意义大家都十分清楚了。下面让我们来看看新试剂的表现如何： P6-C4试剂可以将PacBio的...