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专家访谈
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RNA+DNA测序，科学家“复活”48500年前的病毒！
渥太华大学的Stefan Aris-Brosu及其同事从极地哈森湖底部收集沉积物样本，并从季节性干燥的溪流中收集土壤，融水通过这些溪流从当地冰川进入水库。然后对这些样本中的RNA和DNA进行测序，以识别接近已知病毒的特征，以及潜在的携带者。 “复活”的最古老的病毒 01 在俄罗斯几个科学团队与遗存的动植物一起工作。他们设法让它们从永...
【Science子刊】科学家在DNA测序方面取得飞跃！
近期发表在《Science Advances》上的一篇论文“Single-molecule Taq DNA polymerase dynamics”中，加州大学欧文分校（UCI）化学系和物理&天文学系的研究人员揭示了一个使DNA测序成为可能的关键酶的新细节。这一发现标志着个性化医疗时代的飞跃，届时医生将能够根据患者个体的基因组设计治疗方案。 UCI化学教授、新研究的...
【Nature】如何保留细胞在组织内的位置？新的DNA测序技术可以实现！
在癌症肿瘤等复杂组织内，单个细胞之间可以有很大的差异。在内部，癌细胞可以发生独特的DNA突变和基因组变化，潜在地导致耐药、转移或复发。在外部，细胞在组织内的特定位置也很重要，因为肿瘤及其周围组织的局部结构会影响细胞状态和药物渗透性。 为了同时测量遗传和局部因素，来自哈佛大学干细胞与再生生物学系(HSCRB)、麻省理工学院Broad研究所及哈佛的研究人员开发出一种空间...
【Nature子刊】突破！干细胞技术和下一代DNA测序发现最常见、难治的脑肿瘤——多形性胶质母细胞瘤的新治疗靶点
研究成人中最常见和最具攻击性的脑肿瘤类型的科学家，发现了一种分析同一患者的病变和健康细胞的新方法。 至关重要的是，这项由慈善机构脑肿瘤研究资助的工作，可能为多形性胶质母细胞瘤（GBM）患者的真正个性化治疗铺平道路。只有25%的此类脑瘤患者存活一年以上，只有5%的患者能存活五年以上。 伦敦大学玛丽分校卓越脑肿瘤研究中心的一个团队已经建立了一个...
【Science】给每个新生儿进行DNA测序将是未来的发展方向！尽管存在障碍，但仍在前进
2016年，一个名叫Cora Stetson的女孩在波士顿出生了。在她出生后的48小时内，医院工作人员从她的脚后跟取了一滴血，用以检测罕见遗传疾病——这是美国所有新生儿都需要做的检测。由于Cora的父母还同意让她参加一项研究，一位研究人员还抽血进行了更多的检测，该检测在她的基因组中搜索了大约1500个疾病基因。 事实证明，遗传信息至关重要。尽管标准试验发现Cora...
12亿美元！DNA测序巨头Illumina将收购Pacific Biosciences - 独家首席执行官访谈
据悉，Illumina是DNA测序机的主要制造商，日前已同意以每股8美元（12亿美元）的价格收购较小的竞争对手Pacific Biosciences，以巩固其对尖端基因研究的所有权。 该交易比昨日Pacific Biosciences股票的收盘价溢价71％。这笔交易将是Illumina最大的交易，该交易在2017年的销售额为27.5亿美元，实现了价值460亿美元的市...
豪!迪拜将对300万居民进行DNA测序 全球基因检测经历爆发式生长
如果有一个地方能用昂贵的成本给全民都进行基因测序，那这个地方就是迪拜！ 近日，迪拜宣布了一项医疗计划，准备对300万城市居民进行DNA测序，原因很简单：通过DNA测序筛除风险，让迪拜城市居民在得病前就能得到治疗。 总的来说，迪拜想要的是实施预防医学——在病人生病之前就治疗他们。不管怎样，这是一项艰巨的任务。 随着精准医学的不断发...
Nature勾勒“蓝图”：需求导向下的DNA测序未来！
人体的基因 四十年前，科学家便阐述了确定DNA片段中碱基顺序的具体方法。而自从高通量测序出现以来，大量产出的数据已经为基础生物学研究带来了巨大的变革，从考古学到法医学，从产前诊断到癌症预后，DNA测序与数据分析已经渗透到了生物相关行业的方方面面。 四十年前，科学家便阐述了确定DNA片段中碱基顺序的具体方法。...
如何让DNA测序的成本更低？PNAS又出新招
在个性化医学中，医生可以快速收集到患者DNA序列中的变化，并确定最合适的治疗方案。然而，当前利用下一代测序技术来阅读DNA序列所需的成本仍很昂贵，并且需要具备精良的仪器设备。如今，哈佛大学Wyss研究所的Church研究团队开发出了一种基于生物工程纳米的新型电子DNA测序平台，该平台可以克服二代测序技术的一些缺点。相关结果于近日发表在PNAS杂志上。 Wyss研究所的核心成员、哈佛...
无细胞DNA测序确证骨髓增生异常综合征的诊断
使用下一代测序（NGS）法，分析骨髓增生异常综合征（MDS）患者血液中的无细胞DNA（cf-DNA），获得比现有Sanger测序法更准确的结果。 骨髓增生异常综合征（MDS）是一组由多种疾病组成的综合征，以骨髓中出现克隆肿瘤细胞为特征，后者能导致无效造血和外周血（PB）白细胞减少。诊断MDS的主要标准是出现外周白细胞减少和非典型增生。 总DNA提取用NucliSENS ...
《Nature》中国特辑——中国首先攻克了DNA测序，现在又想统治精准医疗
六年前，中国成为了DNA测序的全球领袖——当时都归功于一家企业，华大基因（BGI）。在那时，这家位于深圳的公司刚采购了128台全世界最快的基因测序仪，据称拥有全世界DNA解码能力的一半以上。华大基因组织了一支初出茅庐的青年生物信息学家大军，与全世界顶尖研究人员合作，发表了从远古人类到大熊猫等各种生物的基因测序结果。这家公司迅速得到了基因组暴力测序工厂的名声；一些人认为他们的成就...
MIT: DNA测序对于每位癌症患者病人都是是必需的吗？
为了提高药物与癌症患者的匹配度，一家公司打算提供免费基因检测。 一家名叫Strata Oncology的公司声称，它将为100,000名癌症患者提供先进的基因检测。但是这里也有利益驱动：它希望能够找出具有特定稀缺DNA错误的患者，并将它们介绍给制药公司。 去年刚刚创办的Strata，已经从投资者那里筹集一千二百万美元，并且声称一年可以进行50,000份新一代测序。这种测试可以探测肿...
Illumina DNA测序界的谷歌
可以说，Illumina在DNA测序界的地位，就像谷歌在互联网搜索界的一样，或许这么说还低估了这家位于圣地亚哥的生物科技公司。Illumina的机器，是市场上最好最便宜的，产生了当今所有DNA序列数据的90%。正如人们所说，Illumina简直就是，基因霸主。 但，即使Illumina如今那90%的蛋糕如此有利可图，在未来，整块...
Science及Nature共述：口袋里的DNA测序仪，可实现实时诊断
纳米孔测序的想法起始于25年前， 2012年5月4日《Science》首次报道了Oxford Nanopore公司研制的纳米孔测序仪样机——MinION，用于破译病毒DNA。然而MinION的发展历程并不那么顺利，英国牛津大学基因组学中心基因组学家Rory Bowden说，“众所周知，在每次读取的水平上，MinION不是很精确”。2014年2月《Scie...
在零重力下进行DNA测序
DNA分析是评估人类健康和发现新物质构成的基本方法。如果有人需要在太空中度过很长时间，有时就需要做个DNA测序。而科学家还没有在零重力下尝试过这个操作。据自然新闻介绍，今年9月，美国约翰霍普金斯大学两位遗传学家安德鲁·芬博格和林赛·里扎迪在美国宇航局的低重力飞机上进行了试验。零重力飞机被戏称为“呕吐彗星”，它在空中飞抛物线，模拟太空的失重状态。他俩在4天...
什么方法能将DNA测序精度提高1000倍？
来自瑞士洛桑联邦理工学院（EPFL）的科学家们开发出了一种方法，将DNA测序的精度提高了1000倍。利用纳米孔来读取单个核苷酸，这一方法为更好及更廉价的DNA测序铺平了道路。 DNA测序是一种能够确定DNA分子准确序列的技术。作为当前最重要的生物及医学工具之一，它构成了基因组分析的核心。通过辨认基因的确切组成，科学家们可以检测出...
首款便携式DNA测序设备问世仅笔记本大小
提到DNA检测，相信所有人的第一个反应都是复杂、繁琐并且需要专业仪器。目前普通的DNA测序设备都要求拥有极高的计算能力，并且仪器十分庞大且专业。 日前，新西兰奥兰多大学的研发人员研发出一款只有普通笔记本大小的无线DNA测序设备。这款被称为“Freedom 4”的设备通过采用定量的聚合酶链式反应技术来为DNA样本测序。值得一提的是，这台Freedom 4的续航时间可达...
吴瑞先生：DNA测序之父，比Sanger提出测序法还早！
第一次知道吴瑞先生 (图一) 的名字，是看了饶毅老师写的博文《君子爱“生” 得之有道》，这篇博文后来收录在《饶议科学I》里，过年期间又读过一遍。其中有一句写的很有意思：“1971年吴瑞的引物延伸，是测序的一个关键步骤，给奖是可以的”。看到这儿我笑晕了：这都哪儿跟哪儿啊？所有课本上讲的都是Sanger测序法，所以显然是Sanger的贡献最大，况且诺奖都发了，还争这个有意思吗？另外，中国的语...
便携式DNA测序仪用在埃博拉病毒基因组上
四月份，Joshua Quick在行李箱里装了三台基因测序仪，登上去几内亚的飞机。这个事实非常惊人：大多数的测序机器作为商业客机货舱内的托运行李在旅行中太重、易损。接下来发生的事更让人印象深刻。Quick使用这些被称为 MinIONs的测序仪从14例患者身上读取埃博拉病毒基因组，在样品收集后的短短48小时内得出结果，这一共...
IBM的Watson系统开始用于癌症基因组学分析
Lukas Wartman博士在对抗癌症的基因战争上从零开始。圣路易斯华盛顿大学癌症基因组学的副主任开发了他自己的急性淋巴细胞性白血病。 制定治疗方案时，他的同事看着他的DNA和RNA（将DNA转变成蛋白质的化学信使），试图给他第二次机会。这是一个需要几个月时间的艰巨的过程，并需要一些研究人员的专用脑力，但...