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NimbleGen序列捕获产品将用于英国50000个外显子组测序项目
NimbleGen SeqCap EZ Exome捕获产品被英国一医学协会选定作为一项50000个外显子组测序项目的专用序列捕获技术。这个协会侧重研究罕见血液疾病研究,其成员来自多个交叉领域包括基因组学、生物信息学、统计学、细胞生物学、以及模式系统研究,目的在于更好地了解罕见血液病以及遗传因子在这些疾病中的作用。 此次的项...
NimbleGen序列捕获技术用于遗传性耳聋研究
遗传性耳聋是人类听力系统最常见的疾病之一,其中有一部分与X染色体相关。在American Journal of Human Genetics发表的一篇文章中1,德国研究人员利用一系列研究方法,包括NimbleGen定制型385K芯片进行序列捕获,从一个西班牙患病家族及一群德国患者的样本中发现了X染色体上一个疾病相关的突变。 研究人员利用定向富集技术,从两个男性患...
你的下一个处方可能是基因组序列
在会议期间,其他的科学家和医生讲述了令人印象深刻的情况,从通过测序准确地检测到肿瘤的白血病患者到与通常的药物选择无关仅通过DNA数据成功地治疗症状的癫痫患者。一名患致命的肝功能衰竭的婴儿接受了紧急的基因组测序,精确定位问题后恢复了健康。 目前大多数人都至少熟悉一个基因组测序获得的信息使一个预后不好的病人...
NimbleGen与Kapa Biosystems合作推出序列捕获实验建库试剂盒
罗氏与Kapa Biosystems公司合作升级NimbleGen现有的二代测序目标序列捕获方案,Kapa Biosystems公司将为罗氏NimbleGen定制二代测序建库试剂盒,搭配NimbleGen的各款序列捕获产品使用。该款试剂盒将有罗氏NimbleGen负责销售,该产品已经在国内上市。 通过这次与Kapa的合作,客户将可以从罗氏NimbleGen购买到捕获...
NimbleDesign罗氏序列捕获定制设计软件上线
NimbleDesign是罗氏NimbleGen推出的免费在线软件,用于NimbleGen SeqCap EZ Choice以及Choice XL人类基因组目标区域的定向捕获探针设计。现在您只需用一分钟注册您的账户,就可以享受到NimbleGen专有的探针算法所带来的高密度、高覆盖、高效率的探针设计,从而开始您感兴趣的目标区域定向富集,以及后续更多的二代测序应用。 ...
盘点RNA序列捕获最新出炉文献(下)
上周我们一起回顾了3篇关于RNA序列捕获的研究文章,这周我们再来看3篇近期发表的文献: 1.Nat Biotechnol. 2014 Sep;32(9):903-14. doi: 10.1038/nbt.2957. Epub 2014 Aug 24. A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, r...
盘点RNA序列捕获最新出炉文献(上)
上周末,一篇利用对lncRNA的捕获测序进行癌症研究的文章吸引了大家的眼球。其实这种针对lncRNA的捕获测序,正是利用罗氏NimbleGen最新上市的产品SeqCap RNA序列捕获探针库实现的。SeqCap RNA与传统外显子捕获测序方法几乎完全相同,然而当被捕获的文库从基因组变成了转录组,则可发现许多转录本可变剪切信息以及一些低丰度的转录本。 ...
90分钟完成全基因组序列分析,靠谱吗?
小编最初看到这篇文章,觉得以前偷偷开发的那些加速算法,还没有做到“仅用七天便完成1088个全基因组样本的分析,并确定了数以百万计的新的遗传变异。”这样的效果,而且,这些分析,居然能够使用一台笔记本就能搞定! 这位Peter White是何方神圣呢?我们先来看看Dr. White的团队。 &em...
Science:DNA测序技术解析免疫细胞复杂语言
我们机体的免疫系统如何帮助我们抵御外来入侵者,比如病毒、细菌、真菌及肿瘤呢?关键就在于我们机体拥有大量的B淋巴细胞和T淋巴细胞,这两种淋巴细胞都可以表达形成特殊的受体,很多年前解析这一系列复杂的机制被认为是不可能的,如今,发表在国际著名杂志Science上的一篇研究报告中,来自贝林佐纳生物医学研究所(音译,Institute for Research ...
近期最热的基因组测序新成果
The scientist杂志盘点了近期各大杂志上最热门的基因组测序成果,中国团队的几项测序研究受到了广泛关注。 种属:兰花(Phalaenopsis equestris) 基因组:约1.2 billion bp 我国研究团队于十一月二十四日在Nature Genetics杂志上发布了小兰屿...
测序短序列拼接高速处理器:Edico公司新部署
Edico Genome位于圣地亚哥,是一家制造基因组数据处理专用集成电路的公司。该公司本周宣布推出其核心产品DRAGEN处理器。DRAGEN处理器是一个芯片,使用者可以将其置入服务器或测序仪器。它提供的计算软件可以将测序序列特异性映射到参考基因组,旨在将短序列拼接为完整基因组。它要比使用通用型服务器速度快很多,它缩短了处理基因数据这一最耗时的步骤。 Ed...
靶向捕获让ctDNA无处遁形—— NimbleGen序列捕获技术用于非小细胞肺癌循环肿瘤DNA测定
循环肿瘤DNA(ctDNA)是一类具备广泛应用前景的肿瘤标志物,可用于肿瘤发展及预后状态的无创测定。现有的ctDNA检测方法要根据每位癌症患者的情况来制定繁琐的检测步骤,且敏感度低,难以适用于广泛的临床应用。近期在Nature Medicine上发表的一篇文章中1,研究人员介绍了一种全新的ctDNA检测技术:癌症个体化深度测序分析方法(CAPP-Seq,cancer per...
大肠杆菌完整基因组序列出炉
美国加州大学的研究人员首次绘制出可导致食物中毒的大肠杆菌的完整基因组序列。相关论文发表在《基因组公告》上。 本次大肠杆菌的测序工作不仅完整没有缺失,而且还对跳跃基因进行了分析。所谓跳跃基因是指那些能够进行自我复制,并能在生物染色体间移动的基因。它们具有扰乱被介入基因组成结构的潜在可能性,并被认为是导致生物基因发生渐变(有时候是突变),并最终促使生物...
测序技术新突破:新纳米孔通过电流变化检测DNA序列
在个体化医疗前景的诱惑下,研究人员将研发出更有效的基因测序新方法视为首要任务。如今,宾夕法尼亚大学物理学家利用固态的纳米孔区分单链DNA分子,这一有前景的技术,在DNA穿过纳米孔时,通过检测电流变化进而读取DNA序列。相关研究发表在《ACS Nano》期刊上。 领导这项研究的是艺术与科学学院物理学和天文学系的副教授MARIJADrndić,参...
大数据分析基因序列 翻开医疗行业新篇章
据 TC 报道,曾从 Google 和 Dropbox 获得风险投资的 Bina Technology 近日又再次收获 650 万美元融资。这笔资金将平分为两部分,一部分用于研发部门扩张,一部分用于经营部门的扩张。 Bina Technology 组建于 2011 年,但上个月才真正开业。创业团队的平均学识无人能出其右,均是来自斯坦福大...
首个人类精子完整基因序列公布
<div> </div> <div>斯坦福大学医学院等处的研究人员首次公布了来自一个成人男子91个精子的全部基因组序列,这项研究成果将有助于解开个体遗传突变的神秘面纱,这也是第一次报道的人类配子的全基因组序列。相关成果公布在《细胞》(<em>Cell</em>)杂志上。</div> <div> </div...
我国完成首个梨全基因组序列图谱绘制
<span style="font-family: Arial;">由南京农业大学梨工程技术研究中心、深圳华大基因研究院、浙江省农业科学院、美国伊利诺伊大学等7所国内外科研院所、60多位基因组研究人员组成的“国际梨基因组合作组”通力合作,成功绘制完成世界首个梨全基因组序列图谱。本研究成果为培育高产、优质、低投入的新品种梨奠定了坚实的遗传基础,并为开展蔷薇科果树的比较...
《自然》:美首次对老鼠基因组调控序列测序
<p align="center"><img src="http://news.sciencenet.cn/upload/news/images/2012/7/20127393022610.jpg" alt="" /></p> <div align="center">...
Nature:特定DNA序列重组可能有助于治疗哮喘
研究人员发现,重新编排在小鼠气道损伤和炎症中促进哮喘免疫的细胞可能引导出一种新的治疗哮喘患者的方法。 在识别到能够修改Th2(T-helper2)细胞DNA的酶后,研究人员已经能够重新编排这些促进哮喘的细胞。这种酶可以作为发展慢性炎症性疾病新疗法的目标,特别是由过量Th2细胞引起的过敏性哮喘。 <!--more--> Walter and ElizaHall研...
Nat Methods:澳大利亚科学家发明“拼写检查”基因序列新方法
澳大利亚昆士兰大学的科学家发明一种快速,可靠,简便的纠错方法,可如同计算机检查文字拼写错误那样,发现基因测序过程中产生的扩增序列DNA代码错误。这项成果发表在今年5月出版的《自然》旗下子刊《自然方法学》<em>Nature Methods</em>上。 <!--more--> 新方法编制的软件称为“刺槐(Acacia)”,特别适用于分析微生物基因的重...