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专家访谈
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倒计时7天 | 百创智造S系列空间转录组细胞分割产品发布会
6月28日，百创智造，在青岛举办“百创智造S系列空间转录组细胞分割产品发布会”。届时，多位生命科学领域专家、学者将齐聚一堂，分享和交流单细胞级空间组学、精准时空组学研究的应用及前沿进展。 同时在发布会上也将揭晓百创智造是如何创新性的将原片H&E，原片荧光，原片测序结合在一起，来实现单细胞的分割。 会议议程 公...
未发先火！美国国家癌症研究所首试Duomic技术——转录组+蛋白组“一步”到位
单细胞测序数据，鱼也； 单细胞功能蛋白组学数据，熊掌也。 鱼与熊掌能否兼得呢？ 请注意这里的兼得不是指用同一批细胞中的一部分去测序，另一部分进行蛋白组学研究，而是同时得到同一个细胞中的单细胞水平的蛋白组层面和核酸层面的数据。要想做到这一点需要依靠Phenomex公司旗下品牌IsoPlexis推出的Duomic平台解决方案...
【研究前沿】单细胞转录组揭示浸润型基底细胞癌免疫微环境及其特异靶标MDK通路关键功能
基底细胞癌是全世界最常见的皮肤癌，常常发生在面部，对患者的外貌造成损害。浸润型基底细胞癌（Infiltrative basal cell carcinoma, iBCC）是一种具有高侵袭性的基底细胞癌亚型，往往出现破坏性生长和对周围组织的侵犯。尽管手术切除是大多数患者的首选治疗，但是由部分患者存在术后复发风险，尚存在不能完全手术切除iBCC，因此临床上急需开发有效内科治疗方案。所以需要对iB...
【研究前沿】重庆大学附属三峡医院印明柱教授团队发表基于图深度学习的空间转录组空间域识别框架
【转化医学网报道】单细胞测序和空间转录组学是前沿的生命科学技术，有助于推动基因组学科技创新，提高我国在生命科学领域的科研水平和竞争力。基于人工智能的空间转录组学数据分析有利于探究组织的生理状态和疾病机制、识别细胞转录因子和基因调控网络、揭示细胞亚型的异质性和多样性、发现潜在的治疗靶点，为研究疾病诊断、预防和治疗提供重要的基础数据和科学依据。 ...
重磅发布！北京大学周永胜、汤富酬、乔杰合作对人胚胎骨髓间充质干细胞进行单细胞转录组和功能分析
3月31日，北京大学周永胜、汤富酬及乔杰在《Signal Transduction and Targeted Therapy》在线发表题为“Characterization of mesenchymal stem cells in human fetal bone marrow by single-cell transcriptomic and functional analysis”的研究...
权威认证:上海欧易通过全国科研与临床实验室转录组测序检测室间质量评价
近日，国家卫生健康委临床检验中心（NCCL）公布了首次《全国科研与临床实验室转录组测序检测室间质量评价预研活动》的评价统计结果，上海欧易实验室顺利通过此次测评！此次测评结果肯定了上海欧易在转录组建库技术、生物信息分析和数据解读方面的能力。 图1 上海欧易通过转录组室间质评 转录组测序（transcriptome sequencing...
【Nature子刊】汤富酬/王洁团队通过单细胞转录组谱揭示了小细胞肺癌的肿瘤异质性
10月5日，北京大学生命科学学院汤富酬教授团队与中国医学科学院王洁教授团队在Signal Transduction and Targeted Therapy上联合发表了题为“Single-cell transcriptomic profiling reveals the tumor heterogeneity of small-cell lung cancer”的研究论文。该研究对原发性肿瘤（PT...
【Nature子刊】复旦/交大团队系统表征癌症转录组，促进抗癌药物发现！
2022年11月10日，上海交通大学李胜利、Liu Teng团队与复旦大学何祥火团队在Nature Communications上发表了题为“Systematic characterization of cancer transcriptome at transcript resolution”的研究论文。该研究大大扩展了癌症RNA库，并将促进抗癌药物的发现。 https://doi.org...
一年发布21篇！北大汤富酬教授团队2022年单细胞转录组测序研究综述
2022年（截止到2022年12月1日）北京大学汤富酬团队在单细胞转录组测序领域取得了一系列重大突破，共发布研究成果21项，本文对以下九项研究进行系统综述。 01 2022年1月25日，暨南大学兰雨，刘兵及北京大学汤富酬共同通讯在《Cell Research》在线发表了研究论文，研究人员在小鼠和人类胚胎中发生关键血管生成和血管生成事件的时间窗口...
【Nature子刊】浙江大学范骁辉教授团队报道首个可将传统转录组测序数据重构至单细胞空间分辨率的方法
2022年10月30日，浙江大学药学院范骁辉教授团队联合计算机科学与技术学院陈华钧教授团队和军事医学科学院高月教授团队在《Nature Communications》上发表了研究论文。研究提出了一种空间解卷积算法—Bulk2Space，首次实现将Bulk转录组重构至单细胞空间分辨率。 https://www.nature.com/articles/s41467-02...
【今日直播】基于纳米孔测序平台的单细胞全长转录组——应用和实践
对单个细胞进行基因组和转录组异质性分析为许多研究领域（包括癌症研究、细胞发育和功能以及免疫学）提供了新见解。但使用传统的短读长测序技术时，单细胞测定存在局限性；例如，在转录组研究中，无法在异构体方面确定转录本丰度。长读长纳米孔测序解决了这些挑战，可以在单条读长中对全长转录本和大基因组区域进行端到端的测序，并覆盖重复区域和结构变异。 12月1日，我们邀请...
【NUCLEIC ACIDS RES】编辑效率91%！苔藓RNA编辑因子识别900个人类转录组脱靶点
苔藓RNA编辑因子 在活细胞中，存在着许许多多的信息流（traffic），如同置身与一个大型施工现场。在陆地植物中，DNA形式的蓝图不仅储存于细胞核中，还存在于线粒体（细胞的发电厂）和叶绿体（光合作用单元）之中。这些蓝图指导着蛋白质的构建，进而支持生命体的代谢过程。然而，蓝图信息是如何在线粒体和叶绿体中传递的呢？——通过创建蓝图的转录本（RNA）来实现。转录本（RNA）随...
【Nature子刊】清华携手中山：单细胞转录组和翻译组双组学揭示了人类卵母细胞成熟的潜在机制
8月31日，由清华大学和中山大学科学家联手合作进行的研究论文“Single-cell transcriptome and translatome dual-omics reveals potential mechanisms of human oocyte maturation”发表在国际期刊《Nature Communications》上，通过单细胞多组学研究和干细胞体外分化试验为研究人类...
【Nature】突破时间维度！对“活”的单细胞进行转录组学动态测序
解决破坏性采样局限性 与其在后续时间内的分子及表型行为相联系——即在离散的时间点内监测某一个细胞数千个基因的活性。由于此特点，研究者也称此技术为“时间性转录组学分析”。 近年来，已开发了几种细胞分析方法来试图解决破坏性采样局限性。这些方法大致可分为两类：一类是纯计算方法：通过将相似的细胞状态连接到连续的轨迹中，或通过模拟mRNA剪接动力学，在快照（...
【柳叶刀子刊】复旦大学团队通过转录组分析探索阿尔兹海默病生物标记物！
主观或客观的潜微认知能力下降被认为是阿尔茨海默病（AD）的临床前表现，阿尔茨海默病是 预防或延缓疾病进展的潜在关键窗口。而先前的研究大多数侧重于识别阿尔茨海默病（AD）或轻度认知障碍的表达变化，但是缺乏关于临床前 AD 的转录组学分析和生物标志物的系统性研究。复旦大学团队的研究结果为病毒感染假说提供了支持，并为临床前AD提供了候选进展生物标志物。该研究发布于《eBioMedicine》。...
【即将开播】空间转录组学技术及算法在线研讨会，7月16日下午两点，大咖云集，欢迎收看！
会议背景 空间转录组学是2020年Nature methods评选的年度方法，是当前单细胞组学研究领域的新方向，在肿瘤学、病理学、免疫学、发育生物学等诸多临床领域具有广泛的应用前景。 近年来，研究者开发了多种空间转录组技术，可以在保留组织空间位置的同时获得基因表达特征、表观调控等组学信息，在传统测序技术的基础上增加了空间信息维度，使得研究者可以从更精细的...
【直播预告】空间转录组学技术及算法在线研讨会，7月16日下午两点，欢迎收看！
会议背景 空间转录组学是2020年Nature methods评选的年度方法，是当前单细胞组学研究领域的新方向，在肿瘤学、病理学、免疫学、发育生物学等诸多临床领域具有广泛的应用前景。 近年来，研究者开发了多种空间转录组技术，可以在保留组织空间位置的同时获得基因表达特征、表观调控等组学信息，在传统测序技术的基础上增加了空间信息维度，使得研究者可以从更...
【科技前沿】百迈客发布国内首款亚细胞级微孔空间转录组芯片！
伴随着单细胞技术的发展，分析工具的拓展使得空间分析在过去一两年逐渐发展成为一个新的科研领域。空间转录组学技术更是先后在2020、2022年被《Nature》、《Nature Method》评为 “年度技术”，其相关技术呈指数级增长。它不仅可以提供研究对象的转录组等数据信息，同时还能定位其在组织中的空间位置。这对于癌症发病机制、神经科学、发育生物学等众多领域的研究都有重要意义。 ...
【Cell子刊】研究人员成功绘制了弥漫性大B细胞淋巴瘤的单细胞转录组图谱，有助于HBV阳性B细胞淋巴瘤患者的治疗
卡罗林斯卡医学院(Karolinska Institute)的生命科学和营养研究人员，共同通讯作者Qiang Pan-Hammarström指出：“我们发现了恶性细胞与良性细胞的发展轨迹，恶性细胞和肿瘤浸润细胞之间的相互作用，我们还发现慢性病毒感染的影响可以进一步解释DLBCL的疾病异质性。对恶性细胞亚群的体细胞突变谱和药物反应进行深入研究，可以为疾病机制和治疗策略提供其他视角。” ...