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专家访谈
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打破瓶颈！复旦附属中山医院团队：多重免疫分析揭示血清免疫蛋白质组学可预测胃癌化疗预后
免疫力与患者对化疗的反应有关 01 胃癌——其中胃腺癌（GAC）为主要的组织学类型——是全球最常见的恶性肿瘤之一，也是癌症相关死亡的主要原因。胃腺癌患者对术前化疗的反应是异质性的，因此急需寻找能够预测化疗预后的生物标志物来对患者进行分层，以获得最佳治疗。 新出现的证据表明，免疫力与患者对化疗的反应有关：Choi等报道，肿瘤标本中基质程...
【Nature子刊】肿瘤突变竟是“预言家”？约翰霍普金斯大学研究发现肿瘤突变可能预测对免疫治疗的反应
近日，由约翰霍普金斯金梅尔（Johns Hopkins Kimmel）癌症中心及彭博~金梅尔（Bloomberg~Kimmel）癌症免疫治疗研究所的研究人员进行的研究“Persistent mutation burden drives sustained anti-tumor immune responses”发表在《 Nature Medicine》上。研究发现，随着癌症的发展，整个肿瘤突...
【Hepatology】增加55%以上！世界卫生组织发布18年后全球肝癌确诊及死亡人数大预测
近日，世界卫生组织下属的国际癌症研究机构（IARC/WHO）研究人员在《Journal of Hepatology》发表了最新研究成果“Global burden of primary liver cancer in 2020 and predictions to 2040”。研究人员预计，到2040年全球肝癌的新确诊病例和死亡人数可能会增加55%。 https:/...
【柳叶刀子刊】复旦类脑研究院和华山医院团队：全新模型精准预测个体未来5-10年痴呆症发病风险
9月23日，复旦大学类脑智能科学与技术研究院冯建峰教授/程炜青年研究员团队联合复旦大学附属华山医院郁金泰教授临床研究团队，于《柳叶刀》子刊eClinicalMedicine 发表了最新研究成果。基于人工智能算法和生物医学大数据，研究团队开发了一种全新的痴呆风险预测模型（名为UKB-DRP）；该模型可对全因痴呆及其主要亚型（阿尔茨海默病）的发病风险进行前瞻性预测——能够对个体在未来五...
【Neuron】复旦脑科和华山医院团队：视皮层在时间信息预测中的重要作用
对环境中不同时间间隔出现的各种信号的感知和预测对动物的生存和演化意义重大。一个典型的例子是，要及时躲避天敌，动物必须有效地对不同的时间信号做出准确预测。 复旦大学附属华山医院毛颖和陈亮团队、复旦大学脑科学研究院/医学神经生物学国家重点实验室张嘉漪团队于10月3日在著名神经科学顶级期刊Neuron发表最新研究成果，展示了团队在时间信息预测研究方面取得的重大进展，揭...
文献速递 | FR+CTC可预测胰腺癌早期复发和转移来指导手术和新辅助治疗
胰腺癌是一种恶性程度极高的肿瘤，其五年生存率仅为5%-7%。目前，根治性切除仍然是治愈或延长生存期的唯一希望。但是胰腺癌因起病隐匿且早期发生转移，致使80%的患者确诊时已为晚期，只有10%-20%的患者可以得到根治性治疗。然而，即使患者得到根治性治疗，仍有20%会出现早期复发。早期复发的主要原因可能是影像学检测会遗漏一些隐匿性的全身性疾病或其他影响因素。近期，新辅助治疗被推荐来解决隐匿性全身...
北大曹云龙入选《Nature》年度十大人物：基因组学准确预测新冠突变
北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）副研究员、北京昌平实验室领衔科学家曹云龙入选。Nature这样介绍：“曹云龙：新冠预测者（COVID-predictor)，帮助追踪新冠病毒的演化，并预测了导致新变异株产生的重要突变。”曹云龙一直专注于单细胞测序的技术开发，他的研究成果帮助追踪新冠病毒演化，并预测了导致新变异株产生的部分突变。 改进的高通量方法 01...
【Nature子刊】疾病进展风险降低49%！研究发现预测结直肠癌治疗效果的新基因！
近日，西班牙瓦尔德西布伦大学医院Elena Elez和瓦尔德西布伦肿瘤研究所Rodrigo A. T oledo团队在Nature Medicine杂志上报告了RNF43突变型组患者的ORR翻倍，疾病进展风险降低49%，死亡风险降低68%，提出RNF43突变类型可作为预测BRAF/EGFR联合抑制疗效的生物标志物。 https://doi.org/10.1038/s41591-022-019...
【Nature子刊】南医大团队发表胃癌研究最新成果，揭示病理学特征在胃癌中的预后和预测价值
研究发现病理学特征 (PS GC )是预后的独立预测因子，与单独使用的 TNM 分期系统相比，包含 PS GC和 TNM 分期系统的诺模图显示预测预后的准确性显著提高。此外，在具有低 PS GC的 II 期和 III 期胃癌患者中（但在具有高 PS GC的患者中则不然），观察到令人满意的化疗益处。因此，PS GC可作为胃癌患者的预后预测指标，并可能成为辅助化疗决策的潜在预测指标。研究论文发表...
国内首款TSA多重荧光染色试剂盒获批体外诊断试剂许可，大咖做客直播间带您了解胃癌免疫微环境的多维分析模型及其临床预测分析效果
癌症疾病是影响人口生存质量的世界性重大公共卫生问题。中国是人口大国，也是癌症疾病高发国家，根据国家癌症中心发布的最新一期全国癌症统计数据显示，中国癌症疾病覆盖人口达3.8亿。有大量的研究报道表明，肿瘤组织的免疫微环境对于指导肿瘤的免疫治疗具有重要意义，包括免疫细胞亚群的比例、分布，特别是免疫细胞与肿瘤细胞之间的空间关系，都是肿瘤预后、预测研究的重要内容。 多重荧...
【CLIN CHEM】复旦肿瘤医院章真团队：cfDNA片段组学精准预测局晚期直肠癌新辅助放化疗预后
https://academic.oup.com/clinchem/advance-article/doi/10.1093/clinchem/hvac173/6779862?rss=1&login=false 研究结果 03 广谱特征用于pCR预测表现出优良性能：...
AlphaFold的新对手？快约60倍的Meta 可AI预测6亿种蛋白质的全新形状！
该团队使用“大型语言模型”生成了预测工具——人工智能AI，这是可以从几个字母或单词预测文本的工具的基础。 通常，语言模型是在大量文本上进行训练的。为了将它们应用于蛋白质，Rives 和他的同事将它们输入已知蛋白质的序列，这些蛋白质可以由 20 种不同氨基酸组成的链表达，每一种都用一个字母表示。然后，该网络学会了“自动完成”蛋白质，其中一部分氨基酸被遮蔽。 蛋白质“自动...
【柳叶刀子刊】南医大沈洪兵、胡志斌教授团队首次提出mCAs可作为一类新型基因组标志物预测肺癌的发病风险
近日，一项来自南京医科大学沈洪兵、胡志斌教授团队的研究“Association of the interaction between mosaic chromosomal alterations and polygenic risk score with the risk of lung cancer: an array-based case-control association and ...
【JNCI】中山大学牵头国际多中心合作，开发出早期结直肠癌风险预测分子标志物
近日，中山大学附属第六医院结直肠外科、胃肠研究所汪建平、骆衍新、禹汇川团队领导完成了一项国际多中心研究。通过研究表观基因组中鲜为人知的“暗物质”——CpG匮乏区的甲基化，开发了一项能准确识别早期结直肠癌复发风险的新型分子标志物组合MePEC。 论文发表于肿瘤学国际权威期刊——《Journal of the National Cancer Institute》，题为“DNA Met...
复旦大学邹欣/郝洁团队和上海交通大学胡晓勇团队基于单细胞算法scCODE构建精准肾透明细胞癌免疫治疗预测模型（AUC=93%）
2022年8月25日，复旦大学邹欣/郝洁团队和上海交通大学胡晓勇团队在Frontiers in immunology (IF=8.8) 在线发表了题为：“An immunotherapy response prediction model derived from proliferative CD4+ T cells and antigen-presenting monocytes in c...
【Cell子刊】免疫基因组分析——预测食管癌新辅助化疗反应
针对上述情况，近日，来自日本理化学研究所综合医学中心（Riken Center for Integrative Medical Sciences）等机构的研究者开发了一种基于机器学习的诊断模型，来用于预测ESCC患者对铂类新辅助化疗（NAC）的反应。 该模型综合考虑了转录组学、免疫及拷贝数变异（CNV）方面的相关因素（也包含了吸烟状态等其他指标），并将这些因素结合到...
【柳叶刀子刊】预言家：新脑损伤患者的血液检查可预测死亡，严重残疾
这些检测两种蛋白质生物标志物的测试于2018年被美国食品和药物管理局批准，用于确定哪些轻度TBI患者应该接受CT扫描。这些生物标志物GFAP和UCH-L1的高值与死亡和严重损伤相关，且研究结果于2022年8月10日发表在《Lancet Neurology》上。 https://www.thelancet.com/journals/laneur/article/PII...
【Nature】重大飞跃：人工智能预测几乎整个“蛋白质宇宙”！
AlphaFold工具已经确定了大约2亿种蛋白质的结构，这些蛋白质来自地球上几乎所有已知的生物体。该研究发布于《Nature》。 https://www.nature.com/articles/d41586-022-02083-2 蛋白质的3D形状 01 从现在开始，确定几乎所有科学已知的蛋白质的3D形状将像使用搜索...
【Science子刊】预测铂类药物的耐药机制！——三阴性乳腺癌的基因组/表观基因组学改变
在三阴性乳腺癌(TNBC)和卵巢癌(OvCa)中很常见，然而，改变基因组和表观基因组性 BRCA 因此，研究者研究了BRCA缺失或基因改变的TNBC和OvCa患者与BRCA启动子甲基化患者对铂治研究发布于《Science Translational Medicine》。...
【研究】新的基因发现能够预测血癌治疗的反应！
导读：Selinexor是治疗血癌多发性骨髓瘤众多突破性疗法中的一种，但是到目前为止，还没有已知的基因组生物标志物或检测方法能够帮助筛选对selinexor反应较好的MM患者。最近，西奈山的研究团队确定了三个被激活基因的标记，这些基因标记能够对Selinexor相关的治疗反应进行预测。 西奈山(Mount Sinai)的研究人员首次发现了几种基因，通过这些基因，能够预测一种重要的疗法——S...