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专家访谈
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RNA:与癌症生物标记相关的新RNAs
来自Pittsburgh大学医学院的研究人员们发现了两类新的RNA，这些RNA和一种蛋白（乳腺癌的预后生物标记物）紧密相关， 而且它们可能在前列腺癌的进展中起到了一定的作用。他们的这些发现发表在6月的科学杂志RNA上。人类Y-盒子结合蛋白1（YB-1）涉及到许多的细胞功能，其表达水平与多种癌症的药物抵抗和患者治疗效果不佳，均有相关性。这个癌症生物标记物与多种RNA紧密相关，而...
别让你的reads再做布朗运动了 —罗氏RNA序列捕获还原真实不同丰度RNA表达！
近年来，遗传变异通过表达水平的改变从而影响癌症、糖尿病、心脏病等复杂疾病的发病日益受到研究者的重视。与之相关的全转录组分析也越来越成为研究热点。 常规的RNA测序（RNA-seq）能检测基因的表达丰度，检测未注释的基因，以及由于剪切而形成的复杂的基因亚型。然而由于转录本的表达丰度宽泛的动态范围，小部分高表达的转录本占据了细胞...
华人女院士Nature子刊发布miRNA研究重要发现
来自麻省理工学院Picower研究所的研究人员发现了，造成脑功能故障，导致精神分裂症发病的一个主要遗传调控因子。相关研究结果发布在5月25日的《自然神经科学》（Nature Neuroscience）杂志上。 领导这一研究的是美国国家医学院院士、麻省理工学院Picower学习与记忆研究所所长、神经科学教授蔡理慧（Li-Huei Tsai）。...
Nat Neurosci：科学家发现精神分裂症疗法的新靶点
近日，一篇发表于国际杂志Nature Neuroscience上的研究论文中，来自麻省理工学院的研究人员通过研究鉴别出了一种主要的遗传调节子，其或可帮助解释引发精神分裂症的错误大脑功能；相关研究或可帮助开发治疗因突触异常而引发的精神分裂症和其它疾病的新型策略提供一定的帮助。 信使RNA（mRNA）可以将DNA的遗传信息翻译成为...
NatureMedicine：microRNA-200家族，决定2型糖尿病中胰岛B细胞存亡
近日瑞士联邦理工学院分子健康科学研究所的Markus Stoffel在Nature Medicine上在线发表了一篇关于2型糖尿病中胰岛B细胞存亡的研究成果。他们发现microRNA-200家族能够通过相关机制促使B细胞凋亡。 microRNA是一类仅约20nt大小的小RNA。通过与其他蛋白结合，microRNA能够介导基因表达中的转录后调节――通过互补结合到目标...
Cell：揭秘激活神经干细胞的信号
来自同济大学医学院、加州大学洛杉矶分校、南昌大学等处的研究人员报告称，他们利用单细胞RNA测序技术，同时运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)，揭示出了激活休眠神经干细胞的信号。这一重要的研究结果发布在5月21日的《细胞》（Cell）杂志上。 同济大学医学院的李思光（Siguang Li）教授以及孙毅（Yi Eve Sun）教授是这篇论文的共同工作。李思光教...
Cell Stem Cell：纯化人类活细胞的新技术
多能干细胞之所有非常流行，其中一个原因就是其可以分化分化成为任何类型的细胞以用于医学研究，然而典型的分化步骤往往会导致异源群体的产生，这样一来研究者所需的理想类型的细胞就必须被纯化；正常情况下，同理想细胞表面受体相互作用的抗体往往就可以帮助进行细胞纯化，但在很多情况下纯化的水平并不高，从而就会引发细胞受损；近日刊登在国际杂志Cell Stem Cell上的一篇研究论文中，...
Nature Medicine：掌控细胞生死的miRNA
瑞士苏黎世联邦理工学院(ETH)的研究人员在β细胞中对microRNA开展研究时，发现了一种对压力下细胞死亡起关键作用的microRNA。研究结果发布在5月18日的《自然医学》（Nature Medicine）杂志上。 糖尿病是现代社会的重要祸患之一，糖尿病病例每年都在上升。全球已有超过3.8亿糖尿病患者。国际糖尿病基金会预计到...
第二军医大学Hepatology解析癌症中的非编码RNA
来自第二军医大学、复旦大学和中科院的研究人员发现，一种叫做DANCR的长链非编码RNA通过解除对CTNNB1的抑制增强了肝癌的干性特征。该研究成果刊登在国际权威杂志Hepatology（影响因子11.665）。 第二军医大学的周伟平（Wei-Ping Zhou）教授、孙树汉（Shuhan Sun）教授和复旦大学生物医学研究院的刘雷（Lei ...
从心脏病到癌症—长非编码RNA到底发挥了什么作用？
直到近几年才发现人类基因的70%是非编码RNA，非编码RNA不能翻译为蛋白质，但仍在人体中发挥重要作用。Stefanie Dimmeler是首批发现一个microRNA亚群在血管再生中发挥重要作用的研究人员之一，她最近获得了欧洲研究委员会（ERC）的ERC高级研究员资助，这使她能够对另一群非编码RNA进行相关研究。Stefanie Dimmeler相信这一群非编码RN...
改造型Cas9:RNA病毒的新杀器？
Cas9是一种特殊的核酸内切酶，已经迅速成为了基因组编辑时代的革命性的新工具。通过小的RNA作为引导序列，Cas9能够特异性结合到DNA上我们感兴趣的区域，然后切割DNA双链。 《美国科学院院刊》近期发表了一篇关于改造Cas9系统的文章。来自一种革兰氏阴性细菌（Francisella novicida）的FnCas9能够通过重编程后（即改变引导RNA的序列），能够结...
非编码RNAs的新角色
我们机体中大约70%的基因都可以为生物活性分子提供一定的蓝图，而如今研究人员通过解析一种名为非编码的RNAs就可以帮助阐明生物活性分子的功能了，非编码的RNAs并不会翻译成为蛋白质，其似乎在机体中行使着控制的作用。 研究者Stefanie Dimmeler是第一批证明micro-RNAs亚群在血管再生过程中扮演重...
食物miRNAs跨胎盘操控胎儿基因表达
在发表于《Protein & Cell》杂志上的一项新研究中，南京大学张辰宇（Chen-Yu Zhang）教授的课题组报告称，发现孕妇食物中的小分子非编码RNAs可通过胎盘转移来控制胎儿的基因表达。 MicroRNAs (miRNA)是一类长度约为22个核苷酸的非编码RNAs，其可以结合靶标信使RNAs（mRNAs）来抑制蛋白质翻译...
世界首张人类全面分泌miRNA组图谱
在一项精心设计的研究中，卢森堡大学的生物学家发现与人们的希望相违，称作为microRNAs的小分子不适合在血液样本中用于早期诊断皮肤癌，并且可能也不适用于其他的癌症类型。他们第一次分析了健康人群血清中所有的microRNAs，提供了第一张全面的人类血液样本“miRNA组”（ miRNome）图谱。 为了早期发现癌症，世界各地的研究人员都在寻...
Cell惊人发现：抑癌的tRNA片段
多年来，科学家们一直对漂浮在从细菌到哺乳动物，包括人类在内各种细胞中的一些遗传物质短片段感到困惑。它们是细胞利用来生成蛋白质的一些遗传指令的片段，但由于长度太短而无法实现它们通常的用途。在本周的《细胞》（Cell）杂志上，来自洛克菲勒大学的研究人员发现了有关这些片段在人体中所起作用的一个重大线索，有可能为对抗乳腺癌开辟全新的领域。 具体说来...
多篇文章告诉我们miRNA与癌症的相爱相杀
本世纪初，科学家们第一次发现一种微小的非编码RNAs：microRNAs与癌症有关，当时来自耶鲁大学的发育生物学家Frank Slack与他的同事发现let-7 米RNA基因突变会导致细胞分裂增加。其后在2002年，另外一组研究人员又在他们的实验中发现慢性淋巴细胞性白血病样品中常见的基因缺失位于两个miRNA基因座：miR15 和 miR16上。 时隔十多年，...
Genes&Devel：科学家鉴别出可抑制致死性脑瘤癌基因表达的小RNA分子
近日，刊登在国际杂志Genes & Development上的一篇研究论文中，来自美国西北大学的研究人员通过研究发现，一种名为miR-182的小RNA分子可以抑制多形性胶质母细胞瘤（GBM）小鼠机体中的促癌基因的表达，而GBM是一类致死性难以治愈的脑瘤。 目前标准疗法药物主要是通过损伤DNA来阻断癌细胞再生，而新型方法则会阻断产生癌细胞的来源，即过表达特定蛋白的基...
科学家发现人类细胞中靶向丙型肝炎病毒的Cas9酶
来自埃默里大学的研究人员在美国国家科学院院刊发表了一篇文章，文中详细分析了来自革兰氏阴性的能抑制丙型肝炎病毒（HCV）RNA生成病毒蛋白的细菌Francisella novicida 的Cas9变异的使用。 作者认为：“这项研究强调了一种便携式，能够抑制病毒的域间方法，它可能只是Cas9介导的RNA靶向无数潜在的生物技术和医疗应用中的一个。 研究人员...
Science：科学家阐明III型CRISPR/Cas系统靶向作用RNA分子的特殊机制
近年来CRISPR技术已经迅速转变成了一种RNA编辑工具，同时其也是一种基因组编辑工具，近日，来自加利福尼亚大学的研究人员在刊登在Science上的一篇研究报告中揭示了一种特殊的蛋白质结构，其可以使得CRISPR/Cas靶向作用的RNA突变分裂单链的RNA分子。 目前已知有三种RNA引导的CRISPR/Cas系统：I型和II型...
盘点RNA序列捕获最新出炉文献（下）
上周我们一起回顾了3篇关于RNA序列捕获的研究文章，这周我们再来看3篇近期发表的文献： 1.Nat Biotechnol. 2014 Sep;32(9):903-14. doi: 10.1038/nbt.2957. Epub 2014 Aug 24. A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, r...