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专家访谈
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王红阳院士、王林辉教授Cancer Cell发表lncRNA重要发现
第二军医大学的研究人员证实，外泌体传送的lncARSR通过发挥竞争性内源RNA（ceRNA）作用，在肾癌中促进了舒尼替尼（Sunitinib）耐药。 第二军医大学东方肝胆外科医院的王红阳(Hong-yang Wang)院士及长征医院泌尿外科的王林辉（Lin-Hui Wang）教授是这篇论文的共同通讯作者。王红阳院士长期从事恶性...
生命好复杂：RNA 的「R」可在太空自然形成？
在搜寻地外生命时，人们最常谈及的方式是寻找遥远行星上的水。但其实，想要了解生命的复杂性，最佳研究对象是彗星、而非行星。事实上，我们已经知道，彗星会形成氨基酸和核酸碱基，这是生命生根的两种关键物质。如今，研究人员可能发现了另一种必备成分：核糖，即 RNA 中的 "R"。 地球生命需要 3 种大分子：RNA、DNA、蛋白质。目前...
Cell Stem Cell发表单细胞RNA测序新成果
寨卡病毒是一种新出现的蚊媒病毒。2015年5月，巴西开始出现寨卡病毒感染疫情，这种病毒随后在美洲快速蔓延。世界卫生组织称，越来越多的证据表明寨卡病毒与小头畸形之间存有关联。针对这种疾病，目前尚无特异性治疗办法或者疫苗。最佳预防方式是采取保护措施，避免蚊子叮咬。 三月四日，Johns Hopkins大学的宋红军（Hongjun S...
单细胞技术新突破：在单细胞水平实现蛋白与RNA的同时检测
单细胞分析技术有很广的范畴，包括进行核酸水平检测的各种单细胞测序及PCR技术，还有进行蛋白水平检测的质谱流式等等。迥异的检测技术手段使我们很难同时对单细胞的核酸和蛋白进行高通量的检测。2015年底，随着《Nature methods》一篇文章的发表，这种情况成为了历史。 引发这一技术突破的是美国斯坦福大学的Garry Nolan实验室，他们成功的将...
Nature重大发现：让癌症上瘾的lncRNA
与比利时根特大学的研究人员合作，来自VIB/鲁汶大学的科学家们揭示出了恶性黑色素瘤与非编码RNA基因SAMMSON之间不同寻常的联系。SAMMSON基因特异地表达于人类恶性黑色素瘤中，并且引人注目地是，侵袭性皮肤癌的生长高度依赖于这一基因。研究结果有可能为改进诊断工具及皮肤癌的治疗铺平道路。 由VIB/鲁汶大学Jean-Chri...
RNA编辑如何促进肿瘤生长？
最近一项新的研究，对于RNA（核糖核酸）编辑在癌症中可能发挥的作用，提供了新的见解。这项研究结果发表在《Scientific Reports》杂志，可以让我们进一步了解参与肿瘤发生和发展的一种新机制，并因此可能在未来带来更好的治疗方案。 在每一个健康的人体细胞中，连接到DNA中的遗传信息，被转录成信使RNA，进而翻译成蛋白质——...
CRISPR应用指南：导入DNA、RNA还是蛋白质？
在基因组编辑的世界里，CRISPR/Cas9代表着王牌。它为研究人员带来了一种简单的方法，将核酸酶、转录调控因子或荧光蛋白送到基因组中的任何地址。这种方法已改变了疾病研究、基因调控、药物开发等。 不过，研究人员首先需要将Cas9蛋白和向导RNA（gRNA）导入他们感兴趣的细胞。事实证明，他们有几种选择。 &emsp...
最新：RNA-seq数据分析指南
新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新。RNA深度测序（RNA-Seq）就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。尽管研究细胞RNA并不是什么新鲜事，但RNA-Seq的出现大大拓展了转录组研究的规模，取得了累累硕果，这些是传统技术难以企及的。 RNA-seq可以获得相当惊人的数据量，而这恰恰是一柄双刃剑。...
浙大80后教授发表单细胞RNA测序研究
基因表达变异是小鼠胚胎干细胞（ESC）的一个重要特征，但人们还不清楚这背后的具体原因。 浙江大学和哈佛大学的研究人员对小鼠胚胎干细胞进行了单细胞mRNA-seq分析。他们发现，这些细胞表现出的异质性是血清培养造成的。这项研究发表在一月二十一日的Cell Reports杂志上，文章的通讯作者是浙江大学80后教授郭国骥、哈佛大学的S...
【颠覆】非编码RNA竟然能编码蛋白
来自德克萨斯大学西南医学中心的研究人员在人类心脏细胞中鉴别出从前未知的一种小肽，证实它在心肌收缩中发挥重要作用。这一小肽是由非编码RNA编码，表明可能还存在其他更多发挥重要生物学功能的“非编码”RNA片段。这一研究一方面说明非编码RNA并非过去认为的那样不能编码，这种编码产物还可产生生物学效应。这种发现属于新生物分子作用模式，值得大家重视。 &emsp...
长链非编码RNA+DNA甲基化=癌症生长调控
DNA甲基化是基因活性的一种关键调节器，在癌细胞中，错误的甲基化修饰会导致肿瘤的过度生长与功能障碍。而且抑癌基因位点上也常常会甲基化增多，导致抑癌基因功能活性关闭，而基因组其它部位则会出现甲基化减少，这也许是为了能释放更多的空间。 “没有人明白是什么驱动了癌细胞过度甲基化，”来自俄亥俄州凯斯西储大学的遗传学家Ahmad Khal...
lncRNA-卵巢癌的预后诊断biomarker研究
临床预后诊断对疾病的把控和治疗至关重要，传统的预后诊断由于技术限制和疾病的复杂性有待进一步的改善和提高。近年来高通量芯片和二代测序的飞速发展为我们研究疾病发生的内在机制提供了可靠手段。现已表明，人类基因组96%以上的非编码区域转录的产物，曾经认为是“垃圾RNA”的非编码RNA在生命发生发展中扮演着重要角色。同样，越来越多的证据表明在疾病状态下，非编码R...
miRNA测序在非编码RNA研究中的应用案例
研究背景 雷特氏综合征（Rett syndrome）是一种严重影响儿童精神运动发育的神经发育性疾病。甲基化-CpG结合蛋白2（MeCP2）基因功能的缺失会导致该病的发生[1,2]。反之，MeCP2基因拷贝数的增多则会导致自闭症（Autism spectrum disorders）的产生[3]。因此，可以说MeCP2蛋白的剂量效应对中枢神经系统（Central ner...
lncRNA测序在非编码RNA研究中的应用案例
在过去几年中，高通量转录组测序（High-throughput transcriptome sequencing）最大的发现之一莫过于在哺乳动物基因组中发现了一些功能各不相同的RNA[1]。除去那些由于转录起始位点（Transcriptional start sites）的改变以及终止子（Ternination）和可变剪切（Splicing）的变化之外，另一些新的反向...
Circular RNAs功能机制研究
circRNA是一类具有调控基因表达潜能的非编码环状闭合RNA。随着NGS的发展及生物信息分析的进步，现在已经发现在动物细胞中，存在着成千上万的circRNAs。而对其功能的研究发现也表明，circRNA可以作为microRNA的海绵吸附体而影响下游靶基因的表达，是一种典型的ceRNA作用机制。另外， 由于circRNA与其相同来源的线性mRNA的序列...
ceRNA研究策略解析
ceRNA是一类通过竞争性结合microRNA来影响microRNA-RNA的转录后调控。作为一种全新的基因转录后调控机制，拓宽了我们对基因调控的进一步理解。当我们想进入这个最新的研究领域时，我们该怎么入手呢？来自宁波大学医学院的研究人员通过他们对胃癌中一个lncRNA-FER1L4的研究，为我们展示了ceRNA调控机制的研究策略。 &e...
miRNA芯片在各类样本中的应用
1.新鲜组织样本 新鲜组织一般包括以人类疾病诊断及治疗为目的，经患者或健康人同意后，从患者的机体中切取的未经特殊化学试剂处理的病变组织或相邻健康组织，或者健康人的相同部位的对照组织。这些人类疾病相关的新鲜组织样本的整理、保存、研究对于提高疾病的诊断质量、促进临床工作、探讨及研究疾病的发病机制具有重要的意义。此外，新鲜组织样本还...
环状RNA（Circular RNA）:noncoding RNAs的新明星分子
circRNA是一类以共价封闭环为特征，广泛存在于真核生物中的新型RNA分子。CircRNA来源于基因的外显子或者内含子区域，在哺乳动物细胞中大量存在。现有研究表明大部分的circRNA在不同物种间是保守的。同时，由于其环状结构能抵抗RNase R的降解而比较稳定。circRNA由于其表达的特异性和调控的复杂性，以及在疾病发生中的重要作用越来越受到大家的重视。就像mi...
ceRNA---新的基因表达调控模式
microRNA基因调控机制是大家熟悉的基因转录后调控模式。随着现代研究的不断深入，研究人员发现基因的转录后调控并不是简单的microRNA-mRNA的沉默机制，而是一个复杂的调控网络，而内源竞争性RNA(ceRNA)，拓宽了我们对基因调控的进一步理解。 ceRNA是一类通过竞争性结合microRNA来影响microRNA-R...
lncRNA可在癌症诊断与预后中作为生物标志物
癌症已经成为21世纪世界性的威胁人类健康与安全的头号杀手。2012年就有超过1200万人被确认为新的癌症患者，超过800万人因癌症而死亡[1]。为了增加对癌症发病机理的研究，癌症和肿瘤基因图谱计划（The Cancer Genome Atlas, TCGA）通过高通量测序方案对遗传学，表观遗传学以及转录变化进行了大规模研究[2,3]。然而，尽管很多证据...